Bug 190342 - [PATCH] biology/p5-bioperl: update to 1.6.923, Add STAGE support
Summary: [PATCH] biology/p5-bioperl: update to 1.6.923, Add STAGE support
Status: Closed FIXED
Alias: None
Product: Ports & Packages
Classification: Unclassified
Component: Individual Port(s) (show other bugs)
Version: Latest
Hardware: Any Any
: Normal Affects Only Me
Assignee: Wen Heping
URL:
Keywords:
Depends on:
Blocks:
 
Reported: 2014-05-28 14:30 UTC by Muhammad Moinur Rahman
Modified: 2014-05-30 16:50 UTC (History)
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p5-bioperl-1.6.923.patch (141.51 KB, patch)
2014-05-28 14:30 UTC, Muhammad Moinur Rahman
no flags Details | Diff

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Description Muhammad Moinur Rahman freebsd_committer freebsd_triage 2014-05-28 14:30:00 UTC
- Update to 1.6.923
- Add STAGE support
- Fix BROKEN

For Committer's reference:
http://pdr.s.ubze.ro/bulk/latest-per-pkg/p5-bioperl/1.6.923/

Fails to build in 11.0 due to failure of a dependency graphics/libglapi

Port maintainer (wen@FreeBSD.org) is cc'd.

Generated with FreeBSD Port Tools 1.02 (mode: update, diff: ports)
Comment 1 Edwin Groothuis freebsd_committer freebsd_triage 2014-05-28 14:30:27 UTC
Responsible Changed
From-To: freebsd-ports-bugs->wen

Over to maintainer (via the GNATS Auto Assign Tool)
Comment 2 dfilter service freebsd_committer freebsd_triage 2014-05-30 16:46:13 UTC
Author: wen
Date: Fri May 30 15:46:05 2014
New Revision: 355863
URL: http://svnweb.freebsd.org/changeset/ports/355863
QAT: https://qat.redports.org/buildarchive/r355863/

Log:
  - Update to 1.6.923
  - Add STAGE support
  
  PR:		190342
  Submitted by:	Muhammad Moinur Rahman <5u623l20@gmail.com>

Modified:
  head/biology/p5-bioperl/Makefile
  head/biology/p5-bioperl/distinfo
  head/biology/p5-bioperl/files/patch-Bio-Root-Build.pm
  head/biology/p5-bioperl/files/patch-Build.PL
  head/biology/p5-bioperl/pkg-plist

Modified: head/biology/p5-bioperl/Makefile
==============================================================================
--- head/biology/p5-bioperl/Makefile	Fri May 30 15:43:27 2014	(r355862)
+++ head/biology/p5-bioperl/Makefile	Fri May 30 15:46:05 2014	(r355863)
@@ -2,18 +2,19 @@
 # $FreeBSD$
 
 PORTNAME=	bioperl
-PORTVERSION=	1.6.1
-PORTREVISION=	4
+PORTVERSION=	1.6.923
 CATEGORIES=	biology perl5
-MASTER_SITES=	http://bioperl.org/DIST/ \
-		CPAN
+MASTER_SITES=	CPAN
+MASTER_SITE_SUBDIR=	CPAN:CJFIELDS
 PKGNAMEPREFIX=	p5-
 DISTNAME=	BioPerl-${PORTVERSION}
 
 MAINTAINER=	wen@FreeBSD.org
-COMMENT=	A collection of Perl modules for bioinformatics
+COMMENT=	Collection of Perl modules for bioinformatics
+
+LICENSE=	ART10 GPLv1
+LICENSE_COMB=	dual
 
-BROKEN=		not staged
 BUILD_DEPENDS=	p5-Text-Tabs+Wrap>=0:${PORTSDIR}/textproc/p5-Text-Tabs+Wrap \
 		p5-Bio-ASN1-EntrezGene>=0:${PORTSDIR}/biology/p5-Bio-ASN1-EntrezGene \
 		p5-Class-AutoClass>=0:${PORTSDIR}/devel/p5-Class-AutoClass \
@@ -38,7 +39,6 @@ BUILD_DEPENDS=	p5-Text-Tabs+Wrap>=0:${PO
 		p5-XML-SAX-Writer>=0:${PORTSDIR}/textproc/p5-XML-SAX-Writer \
 		p5-XML-Twig>=0:${PORTSDIR}/textproc/p5-XML-Twig \
 		p5-XML-Writer>=0:${PORTSDIR}/textproc/p5-XML-Writer \
-		p5-AcePerl>=0:${PORTSDIR}/biology/p5-AcePerl \
 		p5-Clone>=0:${PORTSDIR}/devel/p5-Clone \
 		p5-DBD-mysql>=0:${PORTSDIR}/databases/p5-DBD-mysql \
 		p5-GD>=0:${PORTSDIR}/graphics/p5-GD \
@@ -53,954 +53,40 @@ BUILD_DEPENDS=	p5-Text-Tabs+Wrap>=0:${PO
 		p5-Math-Random>=0:${PORTSDIR}/math/p5-Math-Random \
 		p5-PostScript>=0:${PORTSDIR}/print/p5-PostScript \
 		p5-Set-Scalar>=0:${PORTSDIR}/devel/p5-Set-Scalar \
-		p5-URI>=0:${PORTSDIR}/net/p5-URI
+		p5-URI>=0:${PORTSDIR}/net/p5-URI \
+		p5-Test-Most>=0:${PORTSDIR}/devel/p5-Test-Most \
+		p5-HTML-TableExtract>=2:${PORTSDIR}/www/p5-HTML-TableExtract \
+		p5-Sort-Naturally>=1:${PORTSDIR}/textproc/p5-Sort-Naturally \
+		p5-XML-Simple>=2:${PORTSDIR}/textproc/p5-XML-Simple \
+		p5-YAML>=0:${PORTSDIR}/textproc/p5-YAML \
+		p5-Error>=0:${PORTSDIR}/lang/p5-Error
 
 RUN_DEPENDS:=	${BUILD_DEPENDS}
 
-#CONFLICTS=	p5-bioperl-1.[13579]*
-
 USES=		perl5
 USE_PERL5=	modbuild
 
-MAN1=		bp_aacomp.pl.1 \
-		bp_biblio.pl.1 \
-		bp_biofetch_genbank_proxy.pl.1 \
-		bp_bioflat_index.pl.1 \
-		bp_biogetseq.pl.1 \
-		bp_blast2tree.pl.1 \
-		bp_bulk_load_gff.pl.1 \
-		bp_chaos_plot.pl.1 \
-		bp_classify_hits_kingdom.pl.1 \
-		bp_composite_LD.pl.1 \
-		bp_dbsplit.pl.1 \
-		bp_download_query_genbank.pl.1 \
-		bp_einfo.pl.1 \
-		bp_extract_feature_seq.pl.1 \
-		bp_fast_load_gff.pl.1 \
-		bp_fastam9_to_table.pl.1 \
-		bp_fetch.pl.1 \
-		bp_filter_search.pl.1 \
-		bp_flanks.pl.1 \
-		bp_gccalc.pl.1 \
-		bp_genbank2gff.pl.1 \
-		bp_genbank2gff3.pl.1 \
-		bp_generate_histogram.pl.1 \
-		bp_heterogeneity_test.pl.1 \
-		bp_hivq.pl.1 \
-		bp_hmmer_to_table.pl.1 \
-		bp_index.pl.1 \
-		bp_load_gff.pl.1 \
-		bp_local_taxonomydb_query.pl.1 \
-		bp_make_mrna_protein.pl.1 \
-		bp_mask_by_search.pl.1 \
-		bp_meta_gff.pl.1 \
-		bp_mrtrans.pl.1 \
-		bp_mutate.pl.1 \
-		bp_nexus2nh.pl.1 \
-		bp_nrdb.pl.1 \
-		bp_oligo_count.pl.1 \
-		bp_pairwise_kaks.pl.1 \
-		bp_parse_hmmsearch.pl.1 \
-		bp_process_gadfly.pl.1 \
-		bp_process_sgd.pl.1 \
-		bp_process_wormbase.pl.1 \
-		bp_query_entrez_taxa.pl.1 \
-		bp_remote_blast.pl.1 \
-		bp_revtrans-motif.pl.1 \
-		bp_search2BSML.pl.1 \
-		bp_search2alnblocks.pl.1 \
-		bp_search2gff.pl.1 \
-		bp_search2table.pl.1 \
-		bp_search2tribe.pl.1 \
-		bp_seq_length.pl.1 \
-		bp_seqconvert.pl.1 \
-		bp_seqret.pl.1 \
-		bp_seqretsplit.pl.1 \
-		bp_split_seq.pl.1 \
-		bp_sreformat.pl.1 \
-		bp_taxid4species.pl.1 \
-		bp_taxonomy2tree.pl.1 \
-		bp_translate_seq.pl.1 \
-		bp_tree2pag.pl.1 \
-		bp_unflatten_seq.pl.1
-
-MAN3=		Bio::Align::AlignI.3 \
-		Bio::Align::DNAStatistics.3 \
-		Bio::Align::PairwiseStatistics.3 \
-		Bio::Align::ProteinStatistics.3 \
-		Bio::Align::StatisticsI.3 \
-		Bio::Align::Utilities.3 \
-		Bio::AlignIO.3 \
-		Bio::AlignIO::Handler::GenericAlignHandler.3 \
-		Bio::AlignIO::arp.3 \
-		Bio::AlignIO::bl2seq.3 \
-		Bio::AlignIO::clustalw.3 \
-		Bio::AlignIO::emboss.3 \
-		Bio::AlignIO::fasta.3 \
-		Bio::AlignIO::largemultifasta.3 \
-		Bio::AlignIO::maf.3 \
-		Bio::AlignIO::mase.3 \
-		Bio::AlignIO::mega.3 \
-		Bio::AlignIO::meme.3 \
-		Bio::AlignIO::metafasta.3 \
-		Bio::AlignIO::msf.3 \
-		Bio::AlignIO::nexus.3 \
-		Bio::AlignIO::pfam.3 \
-		Bio::AlignIO::phylip.3 \
-		Bio::AlignIO::po.3 \
-		Bio::AlignIO::proda.3 \
-		Bio::AlignIO::prodom.3 \
-		Bio::AlignIO::psi.3 \
-		Bio::AlignIO::selex.3 \
-		Bio::AlignIO::stockholm.3 \
-		Bio::AlignIO::xmfa.3 \
-		Bio::AnalysisI.3 \
-		Bio::AnalysisParserI.3 \
-		Bio::AnalysisResultI.3 \
-		Bio::AnnotatableI.3 \
-		Bio::Annotation::AnnotationFactory.3 \
-		Bio::Annotation::Collection.3 \
-		Bio::Annotation::Comment.3 \
-		Bio::Annotation::DBLink.3 \
-		Bio::Annotation::OntologyTerm.3 \
-		Bio::Annotation::Reference.3 \
-		Bio::Annotation::Relation.3 \
-		Bio::Annotation::SimpleValue.3 \
-		Bio::Annotation::StructuredValue.3 \
-		Bio::Annotation::TagTree.3 \
-		Bio::Annotation::Target.3 \
-		Bio::Annotation::Tree.3 \
-		Bio::Annotation::TypeManager.3 \
-		Bio::AnnotationCollectionI.3 \
-		Bio::AnnotationI.3 \
-		Bio::Assembly::Contig.3 \
-		Bio::Assembly::ContigAnalysis.3 \
-		Bio::Assembly::IO.3 \
-		Bio::Assembly::IO::ace.3 \
-		Bio::Assembly::IO::phrap.3 \
-		Bio::Assembly::IO::tigr.3 \
-		Bio::Assembly::Scaffold.3 \
-		Bio::Assembly::ScaffoldI.3 \
-		Bio::Assembly::Singlet.3 \
-		Bio::Assembly::Tools::ContigSpectrum.3 \
-		Bio::Biblio.3 \
-		Bio::Biblio::Article.3 \
-		Bio::Biblio::BiblioBase.3 \
-		Bio::Biblio::Book.3 \
-		Bio::Biblio::BookArticle.3 \
-		Bio::Biblio::IO.3 \
-		Bio::Biblio::IO::medline2ref.3 \
-		Bio::Biblio::IO::medlinexml.3 \
-		Bio::Biblio::IO::pubmed2ref.3 \
-		Bio::Biblio::IO::pubmedxml.3 \
-		Bio::Biblio::Journal.3 \
-		Bio::Biblio::JournalArticle.3 \
-		Bio::Biblio::MedlineArticle.3 \
-		Bio::Biblio::MedlineBook.3 \
-		Bio::Biblio::MedlineBookArticle.3 \
-		Bio::Biblio::MedlineJournal.3 \
-		Bio::Biblio::MedlineJournalArticle.3 \
-		Bio::Biblio::Organisation.3 \
-		Bio::Biblio::Patent.3 \
-		Bio::Biblio::Person.3 \
-		Bio::Biblio::Proceeding.3 \
-		Bio::Biblio::Provider.3 \
-		Bio::Biblio::PubmedArticle.3 \
-		Bio::Biblio::PubmedBookArticle.3 \
-		Bio::Biblio::PubmedJournalArticle.3 \
-		Bio::Biblio::Ref.3 \
-		Bio::Biblio::Service.3 \
-		Bio::Biblio::TechReport.3 \
-		Bio::Biblio::Thesis.3 \
-		Bio::Biblio::WebResource.3 \
-		Bio::Cluster::ClusterFactory.3 \
-		Bio::Cluster::FamilyI.3 \
-		Bio::Cluster::SequenceFamily.3 \
-		Bio::Cluster::UniGene.3 \
-		Bio::Cluster::UniGeneI.3 \
-		Bio::ClusterI.3 \
-		Bio::ClusterIO.3 \
-		Bio::ClusterIO::dbsnp.3 \
-		Bio::ClusterIO::unigene.3 \
-		Bio::CodonUsage::IO.3 \
-		Bio::CodonUsage::Table.3 \
-		Bio::Coordinate::Chain.3 \
-		Bio::Coordinate::Collection.3 \
-		Bio::Coordinate::ExtrapolatingPair.3 \
-		Bio::Coordinate::GeneMapper.3 \
-		Bio::Coordinate::Graph.3 \
-		Bio::Coordinate::MapperI.3 \
-		Bio::Coordinate::Pair.3 \
-		Bio::Coordinate::Result.3 \
-		Bio::Coordinate::Result::Gap.3 \
-		Bio::Coordinate::Result::Match.3 \
-		Bio::Coordinate::ResultI.3 \
-		Bio::Coordinate::Utils.3 \
-		Bio::DB::Ace.3 \
-		Bio::DB::Biblio::biofetch.3 \
-		Bio::DB::Biblio::eutils.3 \
-		Bio::DB::Biblio::soap.3 \
-		Bio::DB::BiblioI.3 \
-		Bio::DB::BioFetch.3 \
-		Bio::DB::CUTG.3 \
-		Bio::DB::DBFetch.3 \
-		Bio::DB::EMBL.3 \
-		Bio::DB::EUtilities.3 \
-		Bio::DB::EntrezGene.3 \
-		Bio::DB::Expression.3 \
-		Bio::DB::Expression::geo.3 \
-		Bio::DB::Failover.3 \
-		Bio::DB::Fasta.3 \
-		Bio::DB::FileCache.3 \
-		Bio::DB::Flat.3 \
-		Bio::DB::Flat::BDB.3 \
-		Bio::DB::Flat::BDB::embl.3 \
-		Bio::DB::Flat::BDB::fasta.3 \
-		Bio::DB::Flat::BDB::genbank.3 \
-		Bio::DB::Flat::BDB::swiss.3 \
-		Bio::DB::Flat::BinarySearch.3 \
-		Bio::DB::GFF.3 \
-		Bio::DB::GFF::Adaptor::ace.3 \
-		Bio::DB::GFF::Adaptor::berkeleydb.3 \
-		Bio::DB::GFF::Adaptor::berkeleydb::iterator.3 \
-		Bio::DB::GFF::Adaptor::biofetch.3 \
-		Bio::DB::GFF::Adaptor::biofetch_oracle.3 \
-		Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi.3 \
-		Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::caching_handle.3 \
-		Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::iterator.3 \
-		Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::mysql.3 \
-		Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::mysqlace.3 \
-		Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::mysqlcmap.3 \
-		Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::mysqlopt.3 \
-		Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::oracle.3 \
-		Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::oracleace.3 \
-		Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::pg.3 \
-		Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::pg_fts.3 \
-		Bio::DB::GFF::Adaptor::memory.3 \
-		Bio::DB::GFF::Adaptor::memory::feature_serializer.3 \
-		Bio::DB::GFF::Adaptor::memory::iterator.3 \
-		Bio::DB::GFF::Aggregator.3 \
-		Bio::DB::GFF::Aggregator::alignment.3 \
-		Bio::DB::GFF::Aggregator::clone.3 \
-		Bio::DB::GFF::Aggregator::coding.3 \
-		Bio::DB::GFF::Aggregator::gene.3 \
-		Bio::DB::GFF::Aggregator::match.3 \
-		Bio::DB::GFF::Aggregator::none.3 \
-		Bio::DB::GFF::Aggregator::orf.3 \
-		Bio::DB::GFF::Aggregator::processed_transcript.3 \
-		Bio::DB::GFF::Aggregator::so_transcript.3 \
-		Bio::DB::GFF::Aggregator::transcript.3 \
-		Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_acembly.3 \
-		Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_ensgene.3 \
-		Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_genscan.3 \
-		Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_refgene.3 \
-		Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_sanger22.3 \
-		Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_sanger22pseudo.3 \
-		Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_softberry.3 \
-		Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_twinscan.3 \
-		Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_unigene.3 \
-		Bio::DB::GFF::Featname.3 \
-		Bio::DB::GFF::Feature.3 \
-		Bio::DB::GFF::Homol.3 \
-		Bio::DB::GFF::RelSegment.3 \
-		Bio::DB::GFF::Segment.3 \
-		Bio::DB::GFF::Typename.3 \
-		Bio::DB::GFF::Util::Binning.3 \
-		Bio::DB::GFF::Util::Rearrange.3 \
-		Bio::DB::GenBank.3 \
-		Bio::DB::GenPept.3 \
-		Bio::DB::GenericWebAgent.3 \
-		Bio::DB::HIV.3 \
-		Bio::DB::HIV::HIVAnnotProcessor.3 \
-		Bio::DB::HIV::HIVQueryHelper.3 \
-		Bio::DB::InMemoryCache.3 \
-		Bio::DB::LocationI.3 \
-		Bio::DB::MeSH.3 \
-		Bio::DB::NCBIHelper.3 \
-		Bio::DB::Qual.3 \
-		Bio::DB::Query::GenBank.3 \
-		Bio::DB::Query::HIVQuery.3 \
-		Bio::DB::Query::WebQuery.3 \
-		Bio::DB::QueryI.3 \
-		Bio::DB::RandomAccessI.3 \
-		Bio::DB::RefSeq.3 \
-		Bio::DB::ReferenceI.3 \
-		Bio::DB::Registry.3 \
-		Bio::DB::SeqFeature.3 \
-		Bio::DB::SeqFeature::NormalizedFeature.3 \
-		Bio::DB::SeqFeature::NormalizedFeatureI.3 \
-		Bio::DB::SeqFeature::NormalizedTableFeatureI.3 \
-		Bio::DB::SeqFeature::Segment.3 \
-		Bio::DB::SeqFeature::Store.3 \
-		Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::Iterator.3 \
-		Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::mysql.3 \
-		Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::Pg.3 \
-		Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::SQLite.3 \
-		Bio::DB::SeqFeature::Store::berkeleydb3.3 \
-		Bio::DB::SeqFeature::Store::FeatureFileLoader.3 \
-		Bio::DB::SeqFeature::Store::GFF2Loader.3 \
-		Bio::DB::SeqFeature::Store::GFF3Loader.3 \
-		Bio::DB::SeqFeature::Store::LoadHelper.3 \
-		Bio::DB::SeqFeature::Store::Loader.3 \
-		Bio::DB::SeqFeature::Store::bdb.3 \
-		Bio::DB::SeqFeature::Store::berkeleydb.3 \
-		Bio::DB::SeqFeature::Store::memory.3 \
-		Bio::DB::SeqHound.3 \
-		Bio::DB::SeqI.3 \
-		Bio::DB::SeqVersion.3 \
-		Bio::DB::SeqVersion::gi.3 \
-		Bio::DB::SwissProt.3 \
-		Bio::DB::TFBS.3 \
-		Bio::DB::TFBS::transfac_pro.3 \
-		Bio::DB::Taxonomy.3 \
-		Bio::DB::Taxonomy::entrez.3 \
-		Bio::DB::Taxonomy::flatfile.3 \
-		Bio::DB::Taxonomy::list.3 \
-		Bio::DB::Universal.3 \
-		Bio::DB::UpdateableSeqI.3 \
-		Bio::DB::WebDBSeqI.3 \
-		Bio::DBLinkContainerI.3 \
-		Bio::Das::FeatureTypeI.3 \
-		Bio::Das::SegmentI.3 \
-		Bio::DasI.3 \
-		Bio::DescribableI.3 \
-		Bio::Event::EventGeneratorI.3 \
-		Bio::Event::EventHandlerI.3 \
-		Bio::Expression::Contact.3 \
-		Bio::Expression::DataSet.3 \
-		Bio::Expression::FeatureGroup.3 \
-		Bio::Expression::FeatureGroup::FeatureGroupMas50.3 \
-		Bio::Expression::FeatureI.3 \
-		Bio::Expression::FeatureSet::FeatureSetMas50.3 \
-		Bio::Expression::Platform.3 \
-		Bio::Expression::ProbeI.3 \
-		Bio::Expression::Sample.3 \
-		Bio::Factory::AnalysisI.3 \
-		Bio::Factory::ApplicationFactoryI.3 \
-		Bio::Factory::DriverFactory.3 \
-		Bio::Factory::FTLocationFactory.3 \
-		Bio::Factory::LocationFactoryI.3 \
-		Bio::Factory::MapFactoryI.3 \
-		Bio::Factory::ObjectBuilderI.3 \
-		Bio::Factory::ObjectFactory.3 \
-		Bio::Factory::ObjectFactoryI.3 \
-		Bio::Factory::SeqAnalysisParserFactory.3 \
-		Bio::Factory::SeqAnalysisParserFactoryI.3 \
-		Bio::Factory::SequenceFactoryI.3 \
-		Bio::Factory::SequenceProcessorI.3 \
-		Bio::Factory::SequenceStreamI.3 \
-		Bio::Factory::TreeFactoryI.3 \
-		Bio::FeatureHolderI.3 \
-		Bio::FeatureIO.3 \
-		Bio::FeatureIO::bed.3 \
-		Bio::FeatureIO::gff.3 \
-		Bio::FeatureIO::gtf.3 \
-		Bio::FeatureIO::interpro.3 \
-		Bio::FeatureIO::ptt.3 \
-		Bio::FeatureIO::vecscreen_simple.3 \
-		Bio::HandlerBaseI.3 \
-		Bio::IdCollectionI.3 \
-		Bio::IdentifiableI.3 \
-		Bio::Index::Abstract.3 \
-		Bio::Index::AbstractSeq.3 \
-		Bio::Index::Blast.3 \
-		Bio::Index::BlastTable.3 \
-		Bio::Index::EMBL.3 \
-		Bio::Index::Fasta.3 \
-		Bio::Index::Fastq.3 \
-		Bio::Index::GenBank.3 \
-		Bio::Index::Hmmer.3 \
-		Bio::Index::Qual.3 \
-		Bio::Index::Stockholm.3 \
-		Bio::Index::SwissPfam.3 \
-		Bio::Index::Swissprot.3 \
-		Bio::LiveSeq::AARange.3 \
-		Bio::LiveSeq::Chain.3 \
-		Bio::LiveSeq::ChainI.3 \
-		Bio::LiveSeq::DNA.3 \
-		Bio::LiveSeq::Exon.3 \
-		Bio::LiveSeq::Gene.3 \
-		Bio::LiveSeq::IO::BioPerl.3 \
-		Bio::LiveSeq::IO::Loader.3 \
-		Bio::LiveSeq::Intron.3 \
-		Bio::LiveSeq::Mutation.3 \
-		Bio::LiveSeq::Mutator.3 \
-		Bio::LiveSeq::Prim_Transcript.3 \
-		Bio::LiveSeq::Range.3 \
-		Bio::LiveSeq::Repeat_Region.3 \
-		Bio::LiveSeq::Repeat_Unit.3 \
-		Bio::LiveSeq::SeqI.3 \
-		Bio::LiveSeq::Transcript.3 \
-		Bio::LiveSeq::Translation.3 \
-		Bio::LocatableSeq.3 \
-		Bio::Location::Atomic.3 \
-		Bio::Location::AvWithinCoordPolicy.3 \
-		Bio::Location::CoordinatePolicyI.3 \
-		Bio::Location::Fuzzy.3 \
-		Bio::Location::FuzzyLocationI.3 \
-		Bio::Location::NarrowestCoordPolicy.3 \
-		Bio::Location::Simple.3 \
-		Bio::Location::Split.3 \
-		Bio::Location::SplitLocationI.3 \
-		Bio::Location::WidestCoordPolicy.3 \
-		Bio::LocationI.3 \
-		Bio::Map::Clone.3 \
-		Bio::Map::Contig.3 \
-		Bio::Map::CytoMap.3 \
-		Bio::Map::CytoMarker.3 \
-		Bio::Map::CytoPosition.3 \
-		Bio::Map::EntityI.3 \
-		Bio::Map::FPCMarker.3 \
-		Bio::Map::Gene.3 \
-		Bio::Map::GeneMap.3 \
-		Bio::Map::GenePosition.3 \
-		Bio::Map::GeneRelative.3 \
-		Bio::Map::LinkageMap.3 \
-		Bio::Map::LinkagePosition.3 \
-		Bio::Map::MapI.3 \
-		Bio::Map::Mappable.3 \
-		Bio::Map::MappableI.3 \
-		Bio::Map::Marker.3 \
-		Bio::Map::MarkerI.3 \
-		Bio::Map::Microsatellite.3 \
-		Bio::Map::OrderedPosition.3 \
-		Bio::Map::OrderedPositionWithDistance.3 \
-		Bio::Map::Physical.3 \
-		Bio::Map::Position.3 \
-		Bio::Map::PositionHandler.3 \
-		Bio::Map::PositionHandlerI.3 \
-		Bio::Map::PositionI.3 \
-		Bio::Map::PositionWithSequence.3 \
-		Bio::Map::Prediction.3 \
-		Bio::Map::Relative.3 \
-		Bio::Map::RelativeI.3 \
-		Bio::Map::SimpleMap.3 \
-		Bio::Map::TranscriptionFactor.3 \
-		Bio::MapIO.3 \
-		Bio::MapIO::fpc.3 \
-		Bio::MapIO::mapmaker.3 \
-		Bio::Matrix::Generic.3 \
-		Bio::Matrix::IO.3 \
-		Bio::Matrix::IO::mlagan.3 \
-		Bio::Matrix::IO::phylip.3 \
-		Bio::Matrix::IO::scoring.3 \
-		Bio::Matrix::MatrixI.3 \
-		Bio::Matrix::Mlagan.3 \
-		Bio::Matrix::PSM::IO.3 \
-		Bio::Matrix::PSM::IO::mast.3 \
-		Bio::Matrix::PSM::IO::masta.3 \
-		Bio::Matrix::PSM::IO::meme.3 \
-		Bio::Matrix::PSM::IO::psiblast.3 \
-		Bio::Matrix::PSM::IO::transfac.3 \
-		Bio::Matrix::PSM::InstanceSite.3 \
-		Bio::Matrix::PSM::InstanceSiteI.3 \
-		Bio::Matrix::PSM::ProtMatrix.3 \
-		Bio::Matrix::PSM::ProtPsm.3 \
-		Bio::Matrix::PSM::Psm.3 \
-		Bio::Matrix::PSM::PsmHeader.3 \
-		Bio::Matrix::PSM::PsmHeaderI.3 \
-		Bio::Matrix::PSM::PsmI.3 \
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-		Bio::Search::Hit::HmmpfamHit.3 \
-		Bio::Search::Hit::ModelHit.3 \
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-		Bio::Search::Result::ResultI.3 \
-		Bio::Search::Result::WABAResult.3 \
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-		Bio::SearchIO::Writer::HSPTableWriter.3 \
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-		Bio::SearchIO::exonerate.3 \
-		Bio::SearchIO::fasta.3 \
-		Bio::SearchIO::hmmer.3 \
-		Bio::SearchIO::hmmer_pull.3 \
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-		Bio::TreeIO::lintree.3 \
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-		Bio::TreeIO::phyloxml.3 \
-		Bio::TreeIO::svggraph.3 \
-		Bio::TreeIO::tabtree.3 \
-		Bio::UpdateableSeqI.3 \
-		Bio::Variation::AAChange.3 \
-		Bio::Variation::AAReverseMutate.3 \
-		Bio::Variation::Allele.3 \
-		Bio::Variation::DNAMutation.3 \
-		Bio::Variation::IO.3 \
-		Bio::Variation::IO::flat.3 \
-		Bio::Variation::IO::xml.3 \
-		Bio::Variation::RNAChange.3 \
-		Bio::Variation::SNP.3 \
-		Bio::Variation::SeqDiff.3 \
-		Bio::Variation::VariantI.3 \
-		Bio::WebAgent.3
-
-# now install all extra stuff (docs, examples, scripts, models)
-NO_STAGE=	yes
-
-OPTIONS_DEFINE=	DOCS
+OPTIONS_DEFINE=	DOCS PGTEST SQLITETEST
+PGTEST_DESC=	Test PostGreSQL
+SQLITETEST_DESC=	Test SQLite
+PGTEST_RUN_DEPENDS=	p5-DBD-Pg>=3:${PORTSDIR}/databases/p5-DBD-Pg
+PGTEST_BUILD_DEPENDS=	p5-DBD-Pg>=3:${PORTSDIR}/databases/p5-DBD-Pg
+SQLITETEST_RUN_DEPENDS=	p5-DBD-SQLite>=1:${PORTSDIR}/databases/p5-DBD-SQLite
+SQLITETEST_BUILD_DEPENDS=	p5-DBD-SQLite>=1:${PORTSDIR}/databases/p5-DBD-SQLite
 
 .include <bsd.port.options.mk>
 
 post-install:
-	${MKDIR} ${DATADIR}
-	${CP} -R ${WRKSRC}/scripts ${WRKSRC}/models ${DATADIR}
-	${MKDIR} ${EXAMPLESDIR}
-	${CP} -R ${WRKSRC}/examples/* ${EXAMPLESDIR}
+	${MKDIR} ${STAGEDIR}${DATADIR}
+	${CP} -R ${WRKSRC}/scripts ${WRKSRC}/models ${STAGEDIR}${DATADIR}
+	${MKDIR} ${STAGEDIR}${EXAMPLESDIR}
+	${CP} -R ${WRKSRC}/examples/* ${STAGEDIR}${EXAMPLESDIR}

*** DIFF OUTPUT TRUNCATED AT 1000 LINES ***
_______________________________________________
svn-ports-all@freebsd.org mailing list
http://lists.freebsd.org/mailman/listinfo/svn-ports-all
To unsubscribe, send any mail to "svn-ports-all-unsubscribe@freebsd.org"
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