Attachment #110984 for bug #152205

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PORTNAME=	Bio-Phylo
PORTVERSION=	0.29
CATEGORIES=	biology perl5
MASTER_SITES=	CPAN
PKGNAMEPREFIX=	p5-

MAINTAINER=	perl@FreeBSD.org
COMMENT=	Phylogenetic analysis using perl

RUN_DEPENDS=	p5-Math-CDF>=0:${PORTSDIR}/math/p5-Math-CDF \
		p5-Math-Random>=0.67:${PORTSDIR}/math/p5-Math-Random \
		p5-SVG>=1.07:${PORTSDIR}/textproc/p5-SVG \
		p5-SWF-Builder>=0:${PORTSDIR}/graphics/p5-SWF-Builder \
		p5-XML-Twig>=0:${PORTSDIR}/textproc/p5-XML-Twig \
		p5-bioperl>=0:${PORTSDIR}/biology/p5-bioperl \
		p5-libxml>=0:${PORTSDIR}/textproc/p5-libxml
RUN_DEPENDS=	${BUILD_DEPENDS}

MAN3=	Bio::Phylo.3 \
	Bio::Phylo::EvolutionaryModels.3 \
	Bio::Phylo::Factory.3 \
	Bio::Phylo::Forest::DrawNode.3 \
	Bio::Phylo::Forest::DrawTree.3 \
	Bio::Phylo::Forest.3 \
	Bio::Phylo::Forest::Node.3 \
	Bio::Phylo::Forest::Tree.3 \
	Bio::Phylo::Generator.3 \
	Bio::Phylo::IO.3 \
	Bio::Phylo::Listable.3 \
	Bio::Phylo::Manual.3 \
	Bio::Phylo::Matrices.3 \
	Bio::Phylo::Matrices::Datum.3 \
	Bio::Phylo::Matrices::Datatype.3 \
	Bio::Phylo::Matrices::Matrix.3 \
	Bio::Phylo::Matrices::TypeSafeData.3 \
	Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Custom.3 \
	Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Dna.3 \
	Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Rna.3 \
	Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Restriction.3 \
	Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Protein.3 \
	Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Continuous.3 \
	Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Standard.3 \
	Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Mixed.3 \
	Bio::Phylo::Mediators::TaxaMediator.3 \
	Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Twig.3 \
	Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Twig.3 \
	Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Libxml.3 \
	Bio::Phylo::NeXML::DOM.3 \
	Bio::Phylo::NeXML::Meta.3 \
	Bio::Phylo::NeXML::Writable.3 \
	Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document.3 \
	Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Libxml.3 \
	Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element.3 \
	Bio::Phylo::NeXML::Meta::XMLLiteral.3 \
	Bio::Phylo::Parsers::Newick.3 \
	Bio::Phylo::Parsers::Nexml.3 \
	Bio::Phylo::Parsers::Nexus.3 \
	Bio::Phylo::Parsers::Table.3 \
	Bio::Phylo::Parsers::Taxlist.3 \
	Bio::Phylo::Parsers::Tolweb.3 \
	Bio::Phylo::Project.3 \
	Bio::Phylo::Set.3 \
	Bio::Phylo::Taxa.3 \
	Bio::Phylo::Taxa::TaxaLinker.3 \
	Bio::Phylo::Taxa::Taxon.3 \
	Bio::Phylo::Taxa::TaxonLinker.3 \
	Bio::Phylo::Treedrawer.3 \
	Bio::Phylo::Treedrawer::Abstract.3 \
	Bio::Phylo::Treedrawer::Canvas.3 \
	Bio::Phylo::Treedrawer::Gif.3 \
	Bio::Phylo::Treedrawer::Jpeg.3 \
	Bio::Phylo::Treedrawer::Pdf.3 \
	Bio::Phylo::Treedrawer::Png.3 \
	Bio::Phylo::Treedrawer::Swf.3 \
	Bio::Phylo::Treedrawer::Svg.3 \
	Bio::Phylo::Unparsers::Mrp.3 \
	Bio::Phylo::Unparsers::Newick.3 \
	Bio::Phylo::Unparsers::Nexml.3 \
	Bio::Phylo::Unparsers::Nexus.3 \
	Bio::Phylo::Unparsers::Pagel.3 \
	Bio::Phylo::Util::CONSTANT.3 \
	Bio::Phylo::Util::Logger.3 \
	Bio::Phylo::Util::IDPool.3 \
	Bio::Phylo::Util::Exceptions.3 \
	Bio::Phylo::Util::StackTrace.3

PERL_CONFIGURE=	yes

MAN3=		Bio::Phylo.3 \
		Bio::Phylo::EvolutionaryModels.3 \
		Bio::Phylo::Factory.3 \
		Bio::Phylo::Forest::DrawNode.3 \
		Bio::Phylo::Forest::DrawTree.3 \
		Bio::Phylo::Forest.3 \
		Bio::Phylo::Forest::Node.3 \
		Bio::Phylo::Forest::Tree.3 \
		Bio::Phylo::Generator.3 \
		Bio::Phylo::IO.3 \
		Bio::Phylo::Listable.3 \
		Bio::Phylo::Manual.3 \
		Bio::Phylo::Matrices.3 \
		Bio::Phylo::Matrices::Datum.3 \
		Bio::Phylo::Matrices::Datatype.3 \
		Bio::Phylo::Matrices::Matrix.3 \
		Bio::Phylo::Matrices::TypeSafeData.3 \
		Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Custom.3 \
		Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Dna.3 \
		Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Rna.3 \
		Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Restriction.3 \
		Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Protein.3 \
		Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Continuous.3 \
		Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Standard.3 \
		Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Mixed.3 \
		Bio::Phylo::Mediators::TaxaMediator.3 \
		Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Twig.3 \
		Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Twig.3 \
		Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Libxml.3 \
		Bio::Phylo::NeXML::DOM.3 \
		Bio::Phylo::NeXML::Meta.3 \
		Bio::Phylo::NeXML::Writable.3 \
		Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document.3 \
		Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Libxml.3 \
		Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element.3 \
		Bio::Phylo::NeXML::Meta::XMLLiteral.3 \
		Bio::Phylo::Parsers::Newick.3 \
		Bio::Phylo::Parsers::Nexml.3 \
		Bio::Phylo::Parsers::Nexus.3 \
		Bio::Phylo::Parsers::Table.3 \
		Bio::Phylo::Parsers::Taxlist.3 \
		Bio::Phylo::Parsers::Tolweb.3 \
		Bio::Phylo::Project.3 \
		Bio::Phylo::Set.3 \
		Bio::Phylo::Taxa.3 \
		Bio::Phylo::Taxa::TaxaLinker.3 \
		Bio::Phylo::Taxa::Taxon.3 \
		Bio::Phylo::Taxa::TaxonLinker.3 \
		Bio::Phylo::Treedrawer.3 \
		Bio::Phylo::Treedrawer::Abstract.3 \
		Bio::Phylo::Treedrawer::Canvas.3 \
		Bio::Phylo::Treedrawer::Gif.3 \
		Bio::Phylo::Treedrawer::Jpeg.3 \
		Bio::Phylo::Treedrawer::Pdf.3 \
		Bio::Phylo::Treedrawer::Png.3 \
		Bio::Phylo::Treedrawer::Swf.3 \
		Bio::Phylo::Treedrawer::Svg.3 \
		Bio::Phylo::Unparsers::Mrp.3 \
		Bio::Phylo::Unparsers::Newick.3 \
		Bio::Phylo::Unparsers::Nexml.3 \
		Bio::Phylo::Unparsers::Nexus.3 \
		Bio::Phylo::Unparsers::Pagel.3 \
		Bio::Phylo::Util::CONSTANT.3 \
		Bio::Phylo::Util::Logger.3 \
		Bio::Phylo::Util::IDPool.3 \
		Bio::Phylo::Util::Exceptions.3 \
		Bio::Phylo::Util::StackTrace.3

.include <bsd.port.mk>

Lines 1-2 Link Here

(-)/home/staff/gslin/work/ports/p5-Bio-Phylo/distinfo (-2 / +2 lines)
1	SHA256 (Bio-Phylo-0.28.tar.gz) = f72e5a9e43502ea9020faa17c9c20e0a4cd5f34db967888547fbce0dc742b835	1	SHA256 (Bio-Phylo-0.29.tar.gz) = 8edca450d7c850b78fee92baeea7d99ab0bdefaf1b8cd09eb2a85607f6fe15ea
2	SIZE (Bio-Phylo-0.28.tar.gz) = 241143	2	SIZE (Bio-Phylo-0.29.tar.gz) = 241051

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Lines 6-12 Link Here

(-)/home/staff/gslin/work/ports/p5-Bio-Phylo/Makefile (-73 / +74 lines)
6	#	6	#
7		7
8	PORTNAME= Bio-Phylo	8	PORTNAME= Bio-Phylo
9	PORTVERSION= 0.28	9	PORTVERSION= 0.29
10	CATEGORIES= biology perl5	10	CATEGORIES= biology perl5
11	MASTER_SITES= CPAN	11	MASTER_SITES= CPAN
12	PKGNAMEPREFIX= p5-	12	PKGNAMEPREFIX= p5-
Lines 14-94 Link Here
14	MAINTAINER= perl@FreeBSD.org	14	MAINTAINER= perl@FreeBSD.org
15	COMMENT= Phylogenetic analysis using perl	15	COMMENT= Phylogenetic analysis using perl
16		16
17	BUILD_DEPENDS= p5-Exception-Class>1.22:${PORTSDIR}/devel/p5-Exception-Class \	17	RUN_DEPENDS= p5-Math-CDF>=0:${PORTSDIR}/math/p5-Math-CDF \
18	p5-Math-Random>=0.67:${PORTSDIR}/math/p5-Math-Random \	18	p5-Math-Random>=0.67:${PORTSDIR}/math/p5-Math-Random \
19	p5-IO-String>=1.05:${PORTSDIR}/devel/p5-IO-String \	19	p5-SVG>=1.07:${PORTSDIR}/textproc/p5-SVG \
		20	p5-SWF-Builder>=0:${PORTSDIR}/graphics/p5-SWF-Builder \
		21	p5-XML-Twig>=0:${PORTSDIR}/textproc/p5-XML-Twig \
20	p5-bioperl>=0:${PORTSDIR}/biology/p5-bioperl \	22	p5-bioperl>=0:${PORTSDIR}/biology/p5-bioperl \
21	p5-SVG>=1.07:${PORTSDIR}/textproc/p5-SVG	23	p5-libxml>=0:${PORTSDIR}/textproc/p5-libxml
22	RUN_DEPENDS= ${BUILD_DEPENDS}
23
24	MAN3= Bio::Phylo.3 \
25	Bio::Phylo::EvolutionaryModels.3 \
26	Bio::Phylo::Factory.3 \
27	Bio::Phylo::Forest::DrawNode.3 \
28	Bio::Phylo::Forest::DrawTree.3 \
29	Bio::Phylo::Forest.3 \
30	Bio::Phylo::Forest::Node.3 \
31	Bio::Phylo::Forest::Tree.3 \
32	Bio::Phylo::Generator.3 \
33	Bio::Phylo::IO.3 \
34	Bio::Phylo::Listable.3 \
35	Bio::Phylo::Manual.3 \
36	Bio::Phylo::Matrices.3 \
37	Bio::Phylo::Matrices::Datum.3 \
38	Bio::Phylo::Matrices::Datatype.3 \
39	Bio::Phylo::Matrices::Matrix.3 \
40	Bio::Phylo::Matrices::TypeSafeData.3 \
41	Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Custom.3 \
42	Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Dna.3 \
43	Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Rna.3 \
44	Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Restriction.3 \
45	Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Protein.3 \
46	Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Continuous.3 \
47	Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Standard.3 \
48	Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Mixed.3 \
49	Bio::Phylo::Mediators::TaxaMediator.3 \
50	Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Twig.3 \
51	Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Twig.3 \
52	Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Libxml.3 \
53	Bio::Phylo::NeXML::DOM.3 \
54	Bio::Phylo::NeXML::Meta.3 \
55	Bio::Phylo::NeXML::Writable.3 \
56	Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document.3 \
57	Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Libxml.3 \
58	Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element.3 \
59	Bio::Phylo::NeXML::Meta::XMLLiteral.3 \
60	Bio::Phylo::Parsers::Newick.3 \
61	Bio::Phylo::Parsers::Nexml.3 \
62	Bio::Phylo::Parsers::Nexus.3 \
63	Bio::Phylo::Parsers::Table.3 \
64	Bio::Phylo::Parsers::Taxlist.3 \
65	Bio::Phylo::Parsers::Tolweb.3 \
66	Bio::Phylo::Project.3 \
67	Bio::Phylo::Set.3 \
68	Bio::Phylo::Taxa.3 \
69	Bio::Phylo::Taxa::TaxaLinker.3 \
70	Bio::Phylo::Taxa::Taxon.3 \
71	Bio::Phylo::Taxa::TaxonLinker.3 \
72	Bio::Phylo::Treedrawer.3 \
73	Bio::Phylo::Treedrawer::Abstract.3 \
74	Bio::Phylo::Treedrawer::Canvas.3 \
75	Bio::Phylo::Treedrawer::Gif.3 \
76	Bio::Phylo::Treedrawer::Jpeg.3 \
77	Bio::Phylo::Treedrawer::Pdf.3 \
78	Bio::Phylo::Treedrawer::Png.3 \
79	Bio::Phylo::Treedrawer::Swf.3 \
80	Bio::Phylo::Treedrawer::Svg.3 \
81	Bio::Phylo::Unparsers::Mrp.3 \
82	Bio::Phylo::Unparsers::Newick.3 \
83	Bio::Phylo::Unparsers::Nexml.3 \
84	Bio::Phylo::Unparsers::Nexus.3 \
85	Bio::Phylo::Unparsers::Pagel.3 \
86	Bio::Phylo::Util::CONSTANT.3 \
87	Bio::Phylo::Util::Logger.3 \
88	Bio::Phylo::Util::IDPool.3 \
89	Bio::Phylo::Util::Exceptions.3 \
90	Bio::Phylo::Util::StackTrace.3
91		24
92	PERL_CONFIGURE= yes	25	PERL_CONFIGURE= yes
93		26
		27	MAN3= Bio::Phylo.3 \
		28	Bio::Phylo::EvolutionaryModels.3 \
		29	Bio::Phylo::Factory.3 \
		30	Bio::Phylo::Forest::DrawNode.3 \
		31	Bio::Phylo::Forest::DrawTree.3 \
		32	Bio::Phylo::Forest.3 \
		33	Bio::Phylo::Forest::Node.3 \
		34	Bio::Phylo::Forest::Tree.3 \
		35	Bio::Phylo::Generator.3 \
		36	Bio::Phylo::IO.3 \
		37	Bio::Phylo::Listable.3 \
		38	Bio::Phylo::Manual.3 \
		39	Bio::Phylo::Matrices.3 \
		40	Bio::Phylo::Matrices::Datum.3 \
		41	Bio::Phylo::Matrices::Datatype.3 \
		42	Bio::Phylo::Matrices::Matrix.3 \
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		56	Bio::Phylo::NeXML::DOM.3 \
		57	Bio::Phylo::NeXML::Meta.3 \
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		61	Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element.3 \
		62	Bio::Phylo::NeXML::Meta::XMLLiteral.3 \
		63	Bio::Phylo::Parsers::Newick.3 \
		64	Bio::Phylo::Parsers::Nexml.3 \
		65	Bio::Phylo::Parsers::Nexus.3 \
		66	Bio::Phylo::Parsers::Table.3 \
		67	Bio::Phylo::Parsers::Taxlist.3 \
		68	Bio::Phylo::Parsers::Tolweb.3 \
		69	Bio::Phylo::Project.3 \
		70	Bio::Phylo::Set.3 \
		71	Bio::Phylo::Taxa.3 \
		72	Bio::Phylo::Taxa::TaxaLinker.3 \
		73	Bio::Phylo::Taxa::Taxon.3 \
		74	Bio::Phylo::Taxa::TaxonLinker.3 \
		75	Bio::Phylo::Treedrawer.3 \
		76	Bio::Phylo::Treedrawer::Abstract.3 \
		77	Bio::Phylo::Treedrawer::Canvas.3 \
		78	Bio::Phylo::Treedrawer::Gif.3 \
		79	Bio::Phylo::Treedrawer::Jpeg.3 \
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94
94	.include <bsd.port.mk>	95	.include <bsd.port.mk>