Attachment 110984 Details for Bug 152205 – p5-Bio-Phylo-0.29.patch

[patch] p5-Bio-Phylo-0.29.patch

p5-Bio-Phylo-0.29.patch (text/plain), 6.34 KB, created by gslin on 2010-11-13 15:20:10 UTC

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patch

obsolete

>diff -ruN --exclude=CVS /usr/ports/biology/p5-Bio-Phylo/Makefile /home/staff/gslin/work/ports/p5-Bio-Phylo/Makefile
>--- /usr/ports/biology/p5-Bio-Phylo/Makefile	2010-11-09 22:15:44.000000000 +0800
>+++ /home/staff/gslin/work/ports/p5-Bio-Phylo/Makefile	2010-11-13 23:12:53.000000000 +0800
>@@ -6,7 +6,7 @@
> #
> 
> PORTNAME=	Bio-Phylo
>-PORTVERSION=	0.28
>+PORTVERSION=	0.29
> CATEGORIES=	biology perl5
> MASTER_SITES=	CPAN
> PKGNAMEPREFIX=	p5-
>@@ -14,81 +14,82 @@
> MAINTAINER=	perl@FreeBSD.org
> COMMENT=	Phylogenetic analysis using perl
> 
>-BUILD_DEPENDS=	p5-Exception-Class>1.22:${PORTSDIR}/devel/p5-Exception-Class \
>+RUN_DEPENDS=	p5-Math-CDF>=0:${PORTSDIR}/math/p5-Math-CDF \
> 		p5-Math-Random>=0.67:${PORTSDIR}/math/p5-Math-Random \
>-		p5-IO-String>=1.05:${PORTSDIR}/devel/p5-IO-String \
>+		p5-SVG>=1.07:${PORTSDIR}/textproc/p5-SVG \
>+		p5-SWF-Builder>=0:${PORTSDIR}/graphics/p5-SWF-Builder \
>+		p5-XML-Twig>=0:${PORTSDIR}/textproc/p5-XML-Twig \
> 		p5-bioperl>=0:${PORTSDIR}/biology/p5-bioperl \
>-		p5-SVG>=1.07:${PORTSDIR}/textproc/p5-SVG
>-RUN_DEPENDS=	${BUILD_DEPENDS}
>-
>-MAN3=	Bio::Phylo.3 \
>-	Bio::Phylo::EvolutionaryModels.3 \
>-	Bio::Phylo::Factory.3 \
>-	Bio::Phylo::Forest::DrawNode.3 \
>-	Bio::Phylo::Forest::DrawTree.3 \
>-	Bio::Phylo::Forest.3 \
>-	Bio::Phylo::Forest::Node.3 \
>-	Bio::Phylo::Forest::Tree.3 \
>-	Bio::Phylo::Generator.3 \
>-	Bio::Phylo::IO.3 \
>-	Bio::Phylo::Listable.3 \
>-	Bio::Phylo::Manual.3 \
>-	Bio::Phylo::Matrices.3 \
>-	Bio::Phylo::Matrices::Datum.3 \
>-	Bio::Phylo::Matrices::Datatype.3 \
>-	Bio::Phylo::Matrices::Matrix.3 \
>-	Bio::Phylo::Matrices::TypeSafeData.3 \
>-	Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Custom.3 \
>-	Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Dna.3 \
>-	Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Rna.3 \
>-	Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Restriction.3 \
>-	Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Protein.3 \
>-	Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Continuous.3 \
>-	Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Standard.3 \
>-	Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Mixed.3 \
>-	Bio::Phylo::Mediators::TaxaMediator.3 \
>-	Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Twig.3 \
>-	Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Twig.3 \
>-	Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Libxml.3 \
>-	Bio::Phylo::NeXML::DOM.3 \
>-	Bio::Phylo::NeXML::Meta.3 \
>-	Bio::Phylo::NeXML::Writable.3 \
>-	Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document.3 \
>-	Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Libxml.3 \
>-	Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element.3 \
>-	Bio::Phylo::NeXML::Meta::XMLLiteral.3 \
>-	Bio::Phylo::Parsers::Newick.3 \
>-	Bio::Phylo::Parsers::Nexml.3 \
>-	Bio::Phylo::Parsers::Nexus.3 \
>-	Bio::Phylo::Parsers::Table.3 \
>-	Bio::Phylo::Parsers::Taxlist.3 \
>-	Bio::Phylo::Parsers::Tolweb.3 \
>-	Bio::Phylo::Project.3 \
>-	Bio::Phylo::Set.3 \
>-	Bio::Phylo::Taxa.3 \
>-	Bio::Phylo::Taxa::TaxaLinker.3 \
>-	Bio::Phylo::Taxa::Taxon.3 \
>-	Bio::Phylo::Taxa::TaxonLinker.3 \
>-	Bio::Phylo::Treedrawer.3 \
>-	Bio::Phylo::Treedrawer::Abstract.3 \
>-	Bio::Phylo::Treedrawer::Canvas.3 \
>-	Bio::Phylo::Treedrawer::Gif.3 \
>-	Bio::Phylo::Treedrawer::Jpeg.3 \
>-	Bio::Phylo::Treedrawer::Pdf.3 \
>-	Bio::Phylo::Treedrawer::Png.3 \
>-	Bio::Phylo::Treedrawer::Swf.3 \
>-	Bio::Phylo::Treedrawer::Svg.3 \
>-	Bio::Phylo::Unparsers::Mrp.3 \
>-	Bio::Phylo::Unparsers::Newick.3 \
>-	Bio::Phylo::Unparsers::Nexml.3 \
>-	Bio::Phylo::Unparsers::Nexus.3 \
>-	Bio::Phylo::Unparsers::Pagel.3 \
>-	Bio::Phylo::Util::CONSTANT.3 \
>-	Bio::Phylo::Util::Logger.3 \
>-	Bio::Phylo::Util::IDPool.3 \
>-	Bio::Phylo::Util::Exceptions.3 \
>-	Bio::Phylo::Util::StackTrace.3
>+		p5-libxml>=0:${PORTSDIR}/textproc/p5-libxml
> 
> PERL_CONFIGURE=	yes
> 
>+MAN3=		Bio::Phylo.3 \
>+		Bio::Phylo::EvolutionaryModels.3 \
>+		Bio::Phylo::Factory.3 \
>+		Bio::Phylo::Forest::DrawNode.3 \
>+		Bio::Phylo::Forest::DrawTree.3 \
>+		Bio::Phylo::Forest.3 \
>+		Bio::Phylo::Forest::Node.3 \
>+		Bio::Phylo::Forest::Tree.3 \
>+		Bio::Phylo::Generator.3 \
>+		Bio::Phylo::IO.3 \
>+		Bio::Phylo::Listable.3 \
>+		Bio::Phylo::Manual.3 \
>+		Bio::Phylo::Matrices.3 \
>+		Bio::Phylo::Matrices::Datum.3 \
>+		Bio::Phylo::Matrices::Datatype.3 \
>+		Bio::Phylo::Matrices::Matrix.3 \
>+		Bio::Phylo::Matrices::TypeSafeData.3 \
>+		Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Custom.3 \
>+		Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Dna.3 \
>+		Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Rna.3 \
>+		Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Restriction.3 \
>+		Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Protein.3 \
>+		Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Continuous.3 \
>+		Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Standard.3 \
>+		Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Mixed.3 \
>+		Bio::Phylo::Mediators::TaxaMediator.3 \
>+		Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Twig.3 \
>+		Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Twig.3 \
>+		Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Libxml.3 \
>+		Bio::Phylo::NeXML::DOM.3 \
>+		Bio::Phylo::NeXML::Meta.3 \
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>+		Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Libxml.3 \
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>+		Bio::Phylo::Parsers::Newick.3 \
>+		Bio::Phylo::Parsers::Nexml.3 \
>+		Bio::Phylo::Parsers::Nexus.3 \
>+		Bio::Phylo::Parsers::Table.3 \
>+		Bio::Phylo::Parsers::Taxlist.3 \
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>+		Bio::Phylo::Project.3 \
>+		Bio::Phylo::Set.3 \
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>+		Bio::Phylo::Taxa::TaxonLinker.3 \
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>+		Bio::Phylo::Util::Logger.3 \
>+		Bio::Phylo::Util::IDPool.3 \
>+		Bio::Phylo::Util::Exceptions.3 \
>+		Bio::Phylo::Util::StackTrace.3
>+
> .include <bsd.port.mk>
>diff -ruN --exclude=CVS /usr/ports/biology/p5-Bio-Phylo/distinfo /home/staff/gslin/work/ports/p5-Bio-Phylo/distinfo
>--- /usr/ports/biology/p5-Bio-Phylo/distinfo	2010-11-09 22:15:44.000000000 +0800
>+++ /home/staff/gslin/work/ports/p5-Bio-Phylo/distinfo	2010-11-13 23:06:22.000000000 +0800
>@@ -1,2 +1,2 @@
>-SHA256 (Bio-Phylo-0.28.tar.gz) = f72e5a9e43502ea9020faa17c9c20e0a4cd5f34db967888547fbce0dc742b835
>-SIZE (Bio-Phylo-0.28.tar.gz) = 241143
>+SHA256 (Bio-Phylo-0.29.tar.gz) = 8edca450d7c850b78fee92baeea7d99ab0bdefaf1b8cd09eb2a85607f6fe15ea
>+SIZE (Bio-Phylo-0.29.tar.gz) = 241051

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