Attachment #131830 for bug #176003

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# New ports collection makefile for:	Bio-Phylo
# Date created:				12 Mar 2006
# Whom:					Aaron Dalton <aaron@FreeBSD.org>
#
# $FreeBSD: ports/biology/p5-Bio-Phylo/Makefile,v 1.36 2012/11/17 05:54:52 svnexp Exp $
#

PORTNAME=	Bio-Phylo
PORTVERSION=	0.52
CATEGORIES=	biology perl5
MASTER_SITES=	CPAN
PKGNAMEPREFIX=	p5-

		Bio::Phylo::Forest::DrawNode.3 \
		Bio::Phylo::Forest::DrawTree.3 \
		Bio::Phylo::Forest::Node.3 \
		Bio::Phylo::Forest::NodeRole.3 \
		Bio::Phylo::Forest::Tree.3 \
		Bio::Phylo::Forest::TreeRole.3 \
		Bio::Phylo::Generator.3 \
		Bio::Phylo::IO.3 \
		Bio::Phylo::Identifiable.3 \
		Bio::Phylo::Listable.3 \
		Bio::Phylo::ListableRole.3 \
		Bio::Phylo::Manual.3 \
		Bio::Phylo::Matrices.3 \
		Bio::Phylo::Matrices::Character.3 \

		Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Rna.3 \
		Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Standard.3 \
		Bio::Phylo::Matrices::Datum.3 \
		Bio::Phylo::Matrices::DatumRole.3 \
		Bio::Phylo::Matrices::Matrix.3 \
		Bio::Phylo::Matrices::MatrixRole.3 \
		Bio::Phylo::Matrices::TypeSafeData.3 \
		Bio::Phylo::Mediators::TaxaMediator.3 \
		Bio::Phylo::NeXML::DOM.3 \

		Bio::Phylo::Parsers::Abstract.3 \
		Bio::Phylo::Parsers::Adjacency.3 \
		Bio::Phylo::Parsers::Fasta.3 \
		Bio::Phylo::Parsers::Figtree.3 \
		Bio::Phylo::Parsers::Json.3 \
		Bio::Phylo::Parsers::Newick.3 \
		Bio::Phylo::Parsers::Nexml.3 \

		Bio::Phylo::Util::IDPool.3 \
		Bio::Phylo::Util::Logger.3 \
		Bio::Phylo::Util::OptionalInterface.3 \
		Bio::Phylo::Util::StackTrace.3 \
		Bio::PhyloRole.3

post-patch:
	@${REINPLACE_CMD} -e '/NAME/ s|Bio-Phylo|Bio::Phylo|' ${WRKSRC}/Makefile.PL

Lines 1-2 Link Here

(-)./distinfo (-2 / +2 lines)
1	SHA256 (Bio-Phylo-0.50.tar.gz) = 89e24ac1d68096226194f89b5088910ece4239372e63666011b5fae2a6e0fe3c	1	SHA256 (Bio-Phylo-0.52.tar.gz) = 5c023acc76fb643581bc3612a80e9081ad1a795270bbc02a15f4460637c526c3
2	SIZE (Bio-Phylo-0.50.tar.gz) = 378189	2	SIZE (Bio-Phylo-0.52.tar.gz) = 398024




%%SITE_PERL%%/%%PERL_ARCH%%/auto/Bio/Phylo/.packlist
%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo.pm
%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/EvolutionaryModels.pm
%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Factory.pm

%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Forest/DrawNode.pm
%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Forest/DrawTree.pm
%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Forest/Node.pm
%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Forest/NodeRole.pm
%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Forest/Tree.pm
%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Forest/TreeRole.pm
%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Generator.pm
%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/IO.pm
%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Identifiable.pm
%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Listable.pm
%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/ListableRole.pm
%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Manual.pod
%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices.pm
%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Character.pm

%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Datatype/Rna.pm
%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Datatype/Standard.pm
%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Datum.pm
%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/DatumRole.pm
%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Matrix.pm
%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/MatrixRole.pm
%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/TypeSafeData.pm
%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Mediators/TaxaMediator.pm
%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Models/Substitution/Dna.pm

%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Parsers/Abstract.pm
%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Parsers/Adjacency.pm
%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Parsers/Fasta.pm
%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Parsers/Figtree.pm
%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Parsers/Json.pm
%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Parsers/Newick.pm
%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Parsers/Nexml.pm

%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Unparsers/Rss1.pm
%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Unparsers/Taxlist.pm
%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/CONSTANT.pm
%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/CONSTANT/Int.pm
%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/Dependency.pm
%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/Exceptions.pm
%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/IDPool.pm
%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/Logger.pm
%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/MOP.pm
%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/OptionalInterface.pm
%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/StackTrace.pm
%%SITE_PERL%%/Bio/PhyloRole.pm
@dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/CONSTANT
@dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util
@dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Unparsers
@dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Treedrawer
@dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Taxa
@dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/PhyloWS/Service
@dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/PhyloWS/Resource
@dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/PhyloWS
@dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Parsers
@dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/NeXML/Meta
@dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/NeXML/DOM/Element
@dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/NeXML/DOM/Document
@dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/NeXML/DOM
@dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/NeXML
@dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Models/Substitution/Dna
@dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Models/Substitution
@dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Models
@dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Mediators
@dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Datatype
@dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices
@dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Forest
@dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo
@dirrm %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo
@dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio
@dirrmtry %%SITE_PERL%%/%%PERL_ARCH%%/auto/Bio/Phylo
@dirrmtry %%SITE_PERL%%/%%PERL_ARCH%%/auto/Bio

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Lines 1-12 Link Here

(-)./Makefile (-7 / +9 lines)
1	# New ports collection makefile for: Bio-Phylo
2	# Date created: 12 Mar 2006
3	# Whom: Aaron Dalton <aaron@FreeBSD.org>
4	#
5	# $FreeBSD: ports/biology/p5-Bio-Phylo/Makefile,v 1.36 2012/11/17 05:54:52 svnexp Exp $	1	# $FreeBSD: ports/biology/p5-Bio-Phylo/Makefile,v 1.36 2012/11/17 05:54:52 svnexp Exp $
6	#
7		2
8	PORTNAME= Bio-Phylo	3	PORTNAME= Bio-Phylo
9	PORTVERSION= 0.50	4	PORTVERSION= 0.52
10	CATEGORIES= biology perl5	5	CATEGORIES= biology perl5
11	MASTER_SITES= CPAN	6	MASTER_SITES= CPAN
12	PKGNAMEPREFIX= p5-	7	PKGNAMEPREFIX= p5-
Lines 40-50 Link Here
40	Bio::Phylo::Forest::DrawNode.3 \	35	Bio::Phylo::Forest::DrawNode.3 \
41	Bio::Phylo::Forest::DrawTree.3 \	36	Bio::Phylo::Forest::DrawTree.3 \
42	Bio::Phylo::Forest::Node.3 \	37	Bio::Phylo::Forest::Node.3 \
		38	Bio::Phylo::Forest::NodeRole.3 \
43	Bio::Phylo::Forest::Tree.3 \	39	Bio::Phylo::Forest::Tree.3 \
		40	Bio::Phylo::Forest::TreeRole.3 \
44	Bio::Phylo::Generator.3 \	41	Bio::Phylo::Generator.3 \
45	Bio::Phylo::IO.3 \	42	Bio::Phylo::IO.3 \
46	Bio::Phylo::Identifiable.3 \	43	Bio::Phylo::Identifiable.3 \
47	Bio::Phylo::Listable.3 \	44	Bio::Phylo::Listable.3 \
		45	Bio::Phylo::ListableRole.3 \
48	Bio::Phylo::Manual.3 \	46	Bio::Phylo::Manual.3 \
49	Bio::Phylo::Matrices.3 \	47	Bio::Phylo::Matrices.3 \
50	Bio::Phylo::Matrices::Character.3 \	48	Bio::Phylo::Matrices::Character.3 \
Lines 59-65 Link Here
59	Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Rna.3 \	57	Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Rna.3 \
60	Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Standard.3 \	58	Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Standard.3 \
61	Bio::Phylo::Matrices::Datum.3 \	59	Bio::Phylo::Matrices::Datum.3 \
		60	Bio::Phylo::Matrices::DatumRole.3 \
62	Bio::Phylo::Matrices::Matrix.3 \	61	Bio::Phylo::Matrices::Matrix.3 \
		62	Bio::Phylo::Matrices::MatrixRole.3 \
63	Bio::Phylo::Matrices::TypeSafeData.3 \	63	Bio::Phylo::Matrices::TypeSafeData.3 \
64	Bio::Phylo::Mediators::TaxaMediator.3 \	64	Bio::Phylo::Mediators::TaxaMediator.3 \
65	Bio::Phylo::NeXML::DOM.3 \	65	Bio::Phylo::NeXML::DOM.3 \
Lines 76-81 Link Here
76	Bio::Phylo::Parsers::Abstract.3 \	76	Bio::Phylo::Parsers::Abstract.3 \
77	Bio::Phylo::Parsers::Adjacency.3 \	77	Bio::Phylo::Parsers::Adjacency.3 \
78	Bio::Phylo::Parsers::Fasta.3 \	78	Bio::Phylo::Parsers::Fasta.3 \
		79	Bio::Phylo::Parsers::Figtree.3 \
79	Bio::Phylo::Parsers::Json.3 \	80	Bio::Phylo::Parsers::Json.3 \
80	Bio::Phylo::Parsers::Newick.3 \	81	Bio::Phylo::Parsers::Newick.3 \
81	Bio::Phylo::Parsers::Nexml.3 \	82	Bio::Phylo::Parsers::Nexml.3 \
Lines 136-142 Link Here
136	Bio::Phylo::Util::IDPool.3 \	137	Bio::Phylo::Util::IDPool.3 \
137	Bio::Phylo::Util::Logger.3 \	138	Bio::Phylo::Util::Logger.3 \
138	Bio::Phylo::Util::OptionalInterface.3 \	139	Bio::Phylo::Util::OptionalInterface.3 \
139	Bio::Phylo::Util::StackTrace.3	140	Bio::Phylo::Util::StackTrace.3 \
		141	Bio::PhyloRole.3
140		142
141	post-patch:	143	post-patch:
142	@${REINPLACE_CMD} -e '/NAME/ s\|Bio-Phylo\|Bio::Phylo\|' ${WRKSRC}/Makefile.PL	144	@${REINPLACE_CMD} -e '/NAME/ s\|Bio-Phylo\|Bio::Phylo\|' ${WRKSRC}/Makefile.PL

Lines 1-3 Link Here

(-)./pkg-plist (-24 / +34 lines)
		1	%%SITE_PERL%%/%%PERL_ARCH%%/auto/Bio/Phylo/.packlist
1	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo.pm	2	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo.pm
2	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/EvolutionaryModels.pm	3	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/EvolutionaryModels.pm
3	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Factory.pm	4	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Factory.pm
Lines 5-15 Link Here
5	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Forest/DrawNode.pm	6	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Forest/DrawNode.pm
6	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Forest/DrawTree.pm	7	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Forest/DrawTree.pm
7	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Forest/Node.pm	8	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Forest/Node.pm
		9	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Forest/NodeRole.pm
8	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Forest/Tree.pm	10	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Forest/Tree.pm
		11	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Forest/TreeRole.pm
9	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Generator.pm	12	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Generator.pm
10	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/IO.pm	13	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/IO.pm
11	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Identifiable.pm	14	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Identifiable.pm
12	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Listable.pm	15	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Listable.pm
		16	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/ListableRole.pm
13	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Manual.pod	17	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Manual.pod
14	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices.pm	18	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices.pm
15	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Character.pm	19	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Character.pm
Lines 24-30 Link Here
24	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Datatype/Rna.pm	28	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Datatype/Rna.pm
25	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Datatype/Standard.pm	29	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Datatype/Standard.pm
26	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Datum.pm	30	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Datum.pm
		31	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/DatumRole.pm
27	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Matrix.pm	32	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Matrix.pm
		33	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/MatrixRole.pm
28	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/TypeSafeData.pm	34	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/TypeSafeData.pm
29	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Mediators/TaxaMediator.pm	35	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Mediators/TaxaMediator.pm
30	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Models/Substitution/Dna.pm	36	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Models/Substitution/Dna.pm
Lines 47-52 Link Here
47	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Parsers/Abstract.pm	53	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Parsers/Abstract.pm
48	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Parsers/Adjacency.pm	54	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Parsers/Adjacency.pm
49	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Parsers/Fasta.pm	55	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Parsers/Fasta.pm
		56	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Parsers/Figtree.pm
50	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Parsers/Json.pm	57	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Parsers/Json.pm
51	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Parsers/Newick.pm	58	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Parsers/Newick.pm
52	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Parsers/Nexml.pm	59	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Parsers/Nexml.pm
Lines 102-135 Link Here
102	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Unparsers/Rss1.pm	109	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Unparsers/Rss1.pm
103	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Unparsers/Taxlist.pm	110	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Unparsers/Taxlist.pm
104	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/CONSTANT.pm	111	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/CONSTANT.pm
		112	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/CONSTANT/Int.pm
105	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/Dependency.pm	113	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/Dependency.pm
106	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/Exceptions.pm	114	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/Exceptions.pm
107	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/IDPool.pm	115	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/IDPool.pm
108	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/Logger.pm	116	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/Logger.pm
		117	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/MOP.pm
109	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/OptionalInterface.pm	118	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/OptionalInterface.pm
110	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/StackTrace.pm	119	%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/StackTrace.pm
111	%%SITE_PERL%%/%%PERL_ARCH%%/auto/Bio/Phylo/.packlist	120	%%SITE_PERL%%/Bio/PhyloRole.pm
112	@dirrm %%SITE_PERL%%/%%PERL_ARCH%%/auto/Bio/Phylo	121	@dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/CONSTANT
113	@dirrmtry %%SITE_PERL%%/%%PERL_ARCH%%/auto/Bio	122	@dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util
114	@dirrm %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util	123	@dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Unparsers
115	@dirrm %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Unparsers	124	@dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Treedrawer
116	@dirrm %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Treedrawer	125	@dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Taxa
117	@dirrm %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Taxa	126	@dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/PhyloWS/Service
118	@dirrm %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/PhyloWS/Service	127	@dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/PhyloWS/Resource
119	@dirrm %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/PhyloWS/Resource	128	@dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/PhyloWS
120	@dirrm %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/PhyloWS	129	@dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Parsers
121	@dirrm %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Parsers	130	@dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/NeXML/Meta
122	@dirrm %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/NeXML/Meta	131	@dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/NeXML/DOM/Element
123	@dirrm %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/NeXML/DOM/Element	132	@dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/NeXML/DOM/Document
124	@dirrm %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/NeXML/DOM/Document	133	@dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/NeXML/DOM
125	@dirrm %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/NeXML/DOM	134	@dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/NeXML
126	@dirrm %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/NeXML	135	@dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Models/Substitution/Dna
127	@dirrm %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Models/Substitution/Dna	136	@dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Models/Substitution
128	@dirrm %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Models/Substitution	137	@dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Models
129	@dirrm %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Models	138	@dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Mediators
130	@dirrm %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Mediators	139	@dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Datatype
131	@dirrm %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Datatype	140	@dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices
132	@dirrm %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices	141	@dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Forest
133	@dirrm %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Forest	142	@dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo
134	@dirrm %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo
135	@dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio	143	@dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio
		144	@dirrmtry %%SITE_PERL%%/%%PERL_ARCH%%/auto/Bio/Phylo
		145	@dirrmtry %%SITE_PERL%%/%%PERL_ARCH%%/auto/Bio