Bug 190342 - [PATCH] biology/p5-bioperl: update to 1.6.923, Add STAGE support
Summary: [PATCH] biology/p5-bioperl: update to 1.6.923, Add STAGE support
Status: Closed FIXED
Alias: None
Product: Ports & Packages
Classification: Unclassified
Component: Individual Port(s) (show other bugs)
Version: Latest
Hardware: Any Any
: Normal Affects Only Me
Assignee: Wen Heping
URL:
Keywords:
Depends on:
Blocks:
 
Reported: 2014-05-28 14:30 UTC by Muhammad Moinur Rahman
Modified: 2014-05-30 16:50 UTC (History)
1 user (show)

See Also:


Attachments
p5-bioperl-1.6.923.patch (141.51 KB, patch)
2014-05-28 14:30 UTC, Muhammad Moinur Rahman
no flags Details | Diff

Note You need to log in before you can comment on or make changes to this bug.
Description Muhammad Moinur Rahman freebsd_committer 2014-05-28 14:30:00 UTC
- Update to 1.6.923
- Add STAGE support
- Fix BROKEN

For Committer's reference:
http://pdr.s.ubze.ro/bulk/latest-per-pkg/p5-bioperl/1.6.923/

Fails to build in 11.0 due to failure of a dependency graphics/libglapi

Port maintainer (wen@FreeBSD.org) is cc'd.

Generated with FreeBSD Port Tools 1.02 (mode: update, diff: ports)
Comment 1 Edwin Groothuis freebsd_committer 2014-05-28 14:30:27 UTC
Responsible Changed
From-To: freebsd-ports-bugs->wen

Over to maintainer (via the GNATS Auto Assign Tool)
Comment 2 dfilter service freebsd_committer 2014-05-30 16:46:13 UTC
Author: wen
Date: Fri May 30 15:46:05 2014
New Revision: 355863
URL: http://svnweb.freebsd.org/changeset/ports/355863
QAT: https://qat.redports.org/buildarchive/r355863/

Log:
  - Update to 1.6.923
  - Add STAGE support
  
  PR:		190342
  Submitted by:	Muhammad Moinur Rahman <5u623l20@gmail.com>

Modified:
  head/biology/p5-bioperl/Makefile
  head/biology/p5-bioperl/distinfo
  head/biology/p5-bioperl/files/patch-Bio-Root-Build.pm
  head/biology/p5-bioperl/files/patch-Build.PL
  head/biology/p5-bioperl/pkg-plist

Modified: head/biology/p5-bioperl/Makefile
==============================================================================
--- head/biology/p5-bioperl/Makefile	Fri May 30 15:43:27 2014	(r355862)
+++ head/biology/p5-bioperl/Makefile	Fri May 30 15:46:05 2014	(r355863)
@@ -2,18 +2,19 @@
 # $FreeBSD$
 
 PORTNAME=	bioperl
-PORTVERSION=	1.6.1
-PORTREVISION=	4
+PORTVERSION=	1.6.923
 CATEGORIES=	biology perl5
-MASTER_SITES=	http://bioperl.org/DIST/ \
-		CPAN
+MASTER_SITES=	CPAN
+MASTER_SITE_SUBDIR=	CPAN:CJFIELDS
 PKGNAMEPREFIX=	p5-
 DISTNAME=	BioPerl-${PORTVERSION}
 
 MAINTAINER=	wen@FreeBSD.org
-COMMENT=	A collection of Perl modules for bioinformatics
+COMMENT=	Collection of Perl modules for bioinformatics
+
+LICENSE=	ART10 GPLv1
+LICENSE_COMB=	dual
 
-BROKEN=		not staged
 BUILD_DEPENDS=	p5-Text-Tabs+Wrap>=0:${PORTSDIR}/textproc/p5-Text-Tabs+Wrap \
 		p5-Bio-ASN1-EntrezGene>=0:${PORTSDIR}/biology/p5-Bio-ASN1-EntrezGene \
 		p5-Class-AutoClass>=0:${PORTSDIR}/devel/p5-Class-AutoClass \
@@ -38,7 +39,6 @@ BUILD_DEPENDS=	p5-Text-Tabs+Wrap>=0:${PO
 		p5-XML-SAX-Writer>=0:${PORTSDIR}/textproc/p5-XML-SAX-Writer \
 		p5-XML-Twig>=0:${PORTSDIR}/textproc/p5-XML-Twig \
 		p5-XML-Writer>=0:${PORTSDIR}/textproc/p5-XML-Writer \
-		p5-AcePerl>=0:${PORTSDIR}/biology/p5-AcePerl \
 		p5-Clone>=0:${PORTSDIR}/devel/p5-Clone \
 		p5-DBD-mysql>=0:${PORTSDIR}/databases/p5-DBD-mysql \
 		p5-GD>=0:${PORTSDIR}/graphics/p5-GD \
@@ -53,954 +53,40 @@ BUILD_DEPENDS=	p5-Text-Tabs+Wrap>=0:${PO
 		p5-Math-Random>=0:${PORTSDIR}/math/p5-Math-Random \
 		p5-PostScript>=0:${PORTSDIR}/print/p5-PostScript \
 		p5-Set-Scalar>=0:${PORTSDIR}/devel/p5-Set-Scalar \
-		p5-URI>=0:${PORTSDIR}/net/p5-URI
+		p5-URI>=0:${PORTSDIR}/net/p5-URI \
+		p5-Test-Most>=0:${PORTSDIR}/devel/p5-Test-Most \
+		p5-HTML-TableExtract>=2:${PORTSDIR}/www/p5-HTML-TableExtract \
+		p5-Sort-Naturally>=1:${PORTSDIR}/textproc/p5-Sort-Naturally \
+		p5-XML-Simple>=2:${PORTSDIR}/textproc/p5-XML-Simple \
+		p5-YAML>=0:${PORTSDIR}/textproc/p5-YAML \
+		p5-Error>=0:${PORTSDIR}/lang/p5-Error
 
 RUN_DEPENDS:=	${BUILD_DEPENDS}
 
-#CONFLICTS=	p5-bioperl-1.[13579]*
-
 USES=		perl5
 USE_PERL5=	modbuild
 
-MAN1=		bp_aacomp.pl.1 \
-		bp_biblio.pl.1 \
-		bp_biofetch_genbank_proxy.pl.1 \
-		bp_bioflat_index.pl.1 \
-		bp_biogetseq.pl.1 \
-		bp_blast2tree.pl.1 \
-		bp_bulk_load_gff.pl.1 \
-		bp_chaos_plot.pl.1 \
-		bp_classify_hits_kingdom.pl.1 \
-		bp_composite_LD.pl.1 \
-		bp_dbsplit.pl.1 \
-		bp_download_query_genbank.pl.1 \
-		bp_einfo.pl.1 \
-		bp_extract_feature_seq.pl.1 \
-		bp_fast_load_gff.pl.1 \
-		bp_fastam9_to_table.pl.1 \
-		bp_fetch.pl.1 \
-		bp_filter_search.pl.1 \
-		bp_flanks.pl.1 \
-		bp_gccalc.pl.1 \
-		bp_genbank2gff.pl.1 \
-		bp_genbank2gff3.pl.1 \
-		bp_generate_histogram.pl.1 \
-		bp_heterogeneity_test.pl.1 \
-		bp_hivq.pl.1 \
-		bp_hmmer_to_table.pl.1 \
-		bp_index.pl.1 \
-		bp_load_gff.pl.1 \
-		bp_local_taxonomydb_query.pl.1 \
-		bp_make_mrna_protein.pl.1 \
-		bp_mask_by_search.pl.1 \
-		bp_meta_gff.pl.1 \
-		bp_mrtrans.pl.1 \
-		bp_mutate.pl.1 \
-		bp_nexus2nh.pl.1 \
-		bp_nrdb.pl.1 \
-		bp_oligo_count.pl.1 \
-		bp_pairwise_kaks.pl.1 \
-		bp_parse_hmmsearch.pl.1 \
-		bp_process_gadfly.pl.1 \
-		bp_process_sgd.pl.1 \
-		bp_process_wormbase.pl.1 \
-		bp_query_entrez_taxa.pl.1 \
-		bp_remote_blast.pl.1 \
-		bp_revtrans-motif.pl.1 \
-		bp_search2BSML.pl.1 \
-		bp_search2alnblocks.pl.1 \
-		bp_search2gff.pl.1 \
-		bp_search2table.pl.1 \
-		bp_search2tribe.pl.1 \
-		bp_seq_length.pl.1 \
-		bp_seqconvert.pl.1 \
-		bp_seqret.pl.1 \
-		bp_seqretsplit.pl.1 \
-		bp_split_seq.pl.1 \
-		bp_sreformat.pl.1 \
-		bp_taxid4species.pl.1 \
-		bp_taxonomy2tree.pl.1 \
-		bp_translate_seq.pl.1 \
-		bp_tree2pag.pl.1 \
-		bp_unflatten_seq.pl.1
-
-MAN3=		Bio::Align::AlignI.3 \
-		Bio::Align::DNAStatistics.3 \
-		Bio::Align::PairwiseStatistics.3 \
-		Bio::Align::ProteinStatistics.3 \
-		Bio::Align::StatisticsI.3 \
-		Bio::Align::Utilities.3 \
-		Bio::AlignIO.3 \
-		Bio::AlignIO::Handler::GenericAlignHandler.3 \
-		Bio::AlignIO::arp.3 \
-		Bio::AlignIO::bl2seq.3 \
-		Bio::AlignIO::clustalw.3 \
-		Bio::AlignIO::emboss.3 \
-		Bio::AlignIO::fasta.3 \
-		Bio::AlignIO::largemultifasta.3 \
-		Bio::AlignIO::maf.3 \
-		Bio::AlignIO::mase.3 \
-		Bio::AlignIO::mega.3 \
-		Bio::AlignIO::meme.3 \
-		Bio::AlignIO::metafasta.3 \
-		Bio::AlignIO::msf.3 \
-		Bio::AlignIO::nexus.3 \
-		Bio::AlignIO::pfam.3 \
-		Bio::AlignIO::phylip.3 \
-		Bio::AlignIO::po.3 \
-		Bio::AlignIO::proda.3 \
-		Bio::AlignIO::prodom.3 \
-		Bio::AlignIO::psi.3 \
-		Bio::AlignIO::selex.3 \
-		Bio::AlignIO::stockholm.3 \
-		Bio::AlignIO::xmfa.3 \
-		Bio::AnalysisI.3 \
-		Bio::AnalysisParserI.3 \
-		Bio::AnalysisResultI.3 \
-		Bio::AnnotatableI.3 \
-		Bio::Annotation::AnnotationFactory.3 \
-		Bio::Annotation::Collection.3 \
-		Bio::Annotation::Comment.3 \
-		Bio::Annotation::DBLink.3 \
-		Bio::Annotation::OntologyTerm.3 \
-		Bio::Annotation::Reference.3 \
-		Bio::Annotation::Relation.3 \
-		Bio::Annotation::SimpleValue.3 \
-		Bio::Annotation::StructuredValue.3 \
-		Bio::Annotation::TagTree.3 \
-		Bio::Annotation::Target.3 \
-		Bio::Annotation::Tree.3 \
-		Bio::Annotation::TypeManager.3 \
-		Bio::AnnotationCollectionI.3 \
-		Bio::AnnotationI.3 \
-		Bio::Assembly::Contig.3 \
-		Bio::Assembly::ContigAnalysis.3 \
-		Bio::Assembly::IO.3 \
-		Bio::Assembly::IO::ace.3 \
-		Bio::Assembly::IO::phrap.3 \
-		Bio::Assembly::IO::tigr.3 \
-		Bio::Assembly::Scaffold.3 \
-		Bio::Assembly::ScaffoldI.3 \
-		Bio::Assembly::Singlet.3 \
-		Bio::Assembly::Tools::ContigSpectrum.3 \
-		Bio::Biblio.3 \
-		Bio::Biblio::Article.3 \
-		Bio::Biblio::BiblioBase.3 \
-		Bio::Biblio::Book.3 \
-		Bio::Biblio::BookArticle.3 \
-		Bio::Biblio::IO.3 \
-		Bio::Biblio::IO::medline2ref.3 \
-		Bio::Biblio::IO::medlinexml.3 \
-		Bio::Biblio::IO::pubmed2ref.3 \
-		Bio::Biblio::IO::pubmedxml.3 \
-		Bio::Biblio::Journal.3 \
-		Bio::Biblio::JournalArticle.3 \
-		Bio::Biblio::MedlineArticle.3 \
-		Bio::Biblio::MedlineBook.3 \
-		Bio::Biblio::MedlineBookArticle.3 \
-		Bio::Biblio::MedlineJournal.3 \
-		Bio::Biblio::MedlineJournalArticle.3 \
-		Bio::Biblio::Organisation.3 \
-		Bio::Biblio::Patent.3 \
-		Bio::Biblio::Person.3 \
-		Bio::Biblio::Proceeding.3 \
-		Bio::Biblio::Provider.3 \
-		Bio::Biblio::PubmedArticle.3 \
-		Bio::Biblio::PubmedBookArticle.3 \
-		Bio::Biblio::PubmedJournalArticle.3 \
-		Bio::Biblio::Ref.3 \
-		Bio::Biblio::Service.3 \
-		Bio::Biblio::TechReport.3 \
-		Bio::Biblio::Thesis.3 \
-		Bio::Biblio::WebResource.3 \
-		Bio::Cluster::ClusterFactory.3 \
-		Bio::Cluster::FamilyI.3 \
-		Bio::Cluster::SequenceFamily.3 \
-		Bio::Cluster::UniGene.3 \
-		Bio::Cluster::UniGeneI.3 \
-		Bio::ClusterI.3 \
-		Bio::ClusterIO.3 \
-		Bio::ClusterIO::dbsnp.3 \
-		Bio::ClusterIO::unigene.3 \
-		Bio::CodonUsage::IO.3 \
-		Bio::CodonUsage::Table.3 \
-		Bio::Coordinate::Chain.3 \
-		Bio::Coordinate::Collection.3 \
-		Bio::Coordinate::ExtrapolatingPair.3 \
-		Bio::Coordinate::GeneMapper.3 \
-		Bio::Coordinate::Graph.3 \
-		Bio::Coordinate::MapperI.3 \
-		Bio::Coordinate::Pair.3 \
-		Bio::Coordinate::Result.3 \
-		Bio::Coordinate::Result::Gap.3 \
-		Bio::Coordinate::Result::Match.3 \
-		Bio::Coordinate::ResultI.3 \
-		Bio::Coordinate::Utils.3 \
-		Bio::DB::Ace.3 \
-		Bio::DB::Biblio::biofetch.3 \
-		Bio::DB::Biblio::eutils.3 \
-		Bio::DB::Biblio::soap.3 \
-		Bio::DB::BiblioI.3 \
-		Bio::DB::BioFetch.3 \
-		Bio::DB::CUTG.3 \
-		Bio::DB::DBFetch.3 \
-		Bio::DB::EMBL.3 \
-		Bio::DB::EUtilities.3 \
-		Bio::DB::EntrezGene.3 \
-		Bio::DB::Expression.3 \
-		Bio::DB::Expression::geo.3 \
-		Bio::DB::Failover.3 \
-		Bio::DB::Fasta.3 \
-		Bio::DB::FileCache.3 \
-		Bio::DB::Flat.3 \
-		Bio::DB::Flat::BDB.3 \
-		Bio::DB::Flat::BDB::embl.3 \
-		Bio::DB::Flat::BDB::fasta.3 \
-		Bio::DB::Flat::BDB::genbank.3 \
-		Bio::DB::Flat::BDB::swiss.3 \
-		Bio::DB::Flat::BinarySearch.3 \
-		Bio::DB::GFF.3 \
-		Bio::DB::GFF::Adaptor::ace.3 \
-		Bio::DB::GFF::Adaptor::berkeleydb.3 \
-		Bio::DB::GFF::Adaptor::berkeleydb::iterator.3 \
-		Bio::DB::GFF::Adaptor::biofetch.3 \
-		Bio::DB::GFF::Adaptor::biofetch_oracle.3 \
-		Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi.3 \
-		Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::caching_handle.3 \
-		Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::iterator.3 \
-		Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::mysql.3 \
-		Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::mysqlace.3 \
-		Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::mysqlcmap.3 \
-		Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::mysqlopt.3 \
-		Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::oracle.3 \
-		Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::oracleace.3 \
-		Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::pg.3 \
-		Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::pg_fts.3 \
-		Bio::DB::GFF::Adaptor::memory.3 \
-		Bio::DB::GFF::Adaptor::memory::feature_serializer.3 \
-		Bio::DB::GFF::Adaptor::memory::iterator.3 \
-		Bio::DB::GFF::Aggregator.3 \
-		Bio::DB::GFF::Aggregator::alignment.3 \
-		Bio::DB::GFF::Aggregator::clone.3 \
-		Bio::DB::GFF::Aggregator::coding.3 \
-		Bio::DB::GFF::Aggregator::gene.3 \
-		Bio::DB::GFF::Aggregator::match.3 \
-		Bio::DB::GFF::Aggregator::none.3 \
-		Bio::DB::GFF::Aggregator::orf.3 \
-		Bio::DB::GFF::Aggregator::processed_transcript.3 \
-		Bio::DB::GFF::Aggregator::so_transcript.3 \
-		Bio::DB::GFF::Aggregator::transcript.3 \
-		Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_acembly.3 \
-		Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_ensgene.3 \
-		Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_genscan.3 \
-		Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_refgene.3 \
-		Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_sanger22.3 \
-		Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_sanger22pseudo.3 \
-		Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_softberry.3 \
-		Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_twinscan.3 \
-		Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_unigene.3 \
-		Bio::DB::GFF::Featname.3 \
-		Bio::DB::GFF::Feature.3 \
-		Bio::DB::GFF::Homol.3 \
-		Bio::DB::GFF::RelSegment.3 \
-		Bio::DB::GFF::Segment.3 \
-		Bio::DB::GFF::Typename.3 \
-		Bio::DB::GFF::Util::Binning.3 \
-		Bio::DB::GFF::Util::Rearrange.3 \
-		Bio::DB::GenBank.3 \
-		Bio::DB::GenPept.3 \
-		Bio::DB::GenericWebAgent.3 \
-		Bio::DB::HIV.3 \
-		Bio::DB::HIV::HIVAnnotProcessor.3 \
-		Bio::DB::HIV::HIVQueryHelper.3 \
-		Bio::DB::InMemoryCache.3 \
-		Bio::DB::LocationI.3 \
-		Bio::DB::MeSH.3 \
-		Bio::DB::NCBIHelper.3 \
-		Bio::DB::Qual.3 \
-		Bio::DB::Query::GenBank.3 \
-		Bio::DB::Query::HIVQuery.3 \
-		Bio::DB::Query::WebQuery.3 \
-		Bio::DB::QueryI.3 \
-		Bio::DB::RandomAccessI.3 \
-		Bio::DB::RefSeq.3 \
-		Bio::DB::ReferenceI.3 \
-		Bio::DB::Registry.3 \
-		Bio::DB::SeqFeature.3 \
-		Bio::DB::SeqFeature::NormalizedFeature.3 \
-		Bio::DB::SeqFeature::NormalizedFeatureI.3 \
-		Bio::DB::SeqFeature::NormalizedTableFeatureI.3 \
-		Bio::DB::SeqFeature::Segment.3 \
-		Bio::DB::SeqFeature::Store.3 \
-		Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::Iterator.3 \
-		Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::mysql.3 \
-		Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::Pg.3 \
-		Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::SQLite.3 \
-		Bio::DB::SeqFeature::Store::berkeleydb3.3 \
-		Bio::DB::SeqFeature::Store::FeatureFileLoader.3 \
-		Bio::DB::SeqFeature::Store::GFF2Loader.3 \
-		Bio::DB::SeqFeature::Store::GFF3Loader.3 \
-		Bio::DB::SeqFeature::Store::LoadHelper.3 \
-		Bio::DB::SeqFeature::Store::Loader.3 \
-		Bio::DB::SeqFeature::Store::bdb.3 \
-		Bio::DB::SeqFeature::Store::berkeleydb.3 \
-		Bio::DB::SeqFeature::Store::memory.3 \
-		Bio::DB::SeqHound.3 \
-		Bio::DB::SeqI.3 \
-		Bio::DB::SeqVersion.3 \
-		Bio::DB::SeqVersion::gi.3 \
-		Bio::DB::SwissProt.3 \
-		Bio::DB::TFBS.3 \
-		Bio::DB::TFBS::transfac_pro.3 \
-		Bio::DB::Taxonomy.3 \
-		Bio::DB::Taxonomy::entrez.3 \
-		Bio::DB::Taxonomy::flatfile.3 \
-		Bio::DB::Taxonomy::list.3 \
-		Bio::DB::Universal.3 \
-		Bio::DB::UpdateableSeqI.3 \
-		Bio::DB::WebDBSeqI.3 \
-		Bio::DBLinkContainerI.3 \
-		Bio::Das::FeatureTypeI.3 \
-		Bio::Das::SegmentI.3 \
-		Bio::DasI.3 \
-		Bio::DescribableI.3 \
-		Bio::Event::EventGeneratorI.3 \
-		Bio::Event::EventHandlerI.3 \
-		Bio::Expression::Contact.3 \
-		Bio::Expression::DataSet.3 \
-		Bio::Expression::FeatureGroup.3 \
-		Bio::Expression::FeatureGroup::FeatureGroupMas50.3 \
-		Bio::Expression::FeatureI.3 \
-		Bio::Expression::FeatureSet::FeatureSetMas50.3 \
-		Bio::Expression::Platform.3 \
-		Bio::Expression::ProbeI.3 \
-		Bio::Expression::Sample.3 \
-		Bio::Factory::AnalysisI.3 \
-		Bio::Factory::ApplicationFactoryI.3 \
-		Bio::Factory::DriverFactory.3 \
-		Bio::Factory::FTLocationFactory.3 \
-		Bio::Factory::LocationFactoryI.3 \
-		Bio::Factory::MapFactoryI.3 \
-		Bio::Factory::ObjectBuilderI.3 \
-		Bio::Factory::ObjectFactory.3 \
-		Bio::Factory::ObjectFactoryI.3 \
-		Bio::Factory::SeqAnalysisParserFactory.3 \
-		Bio::Factory::SeqAnalysisParserFactoryI.3 \
-		Bio::Factory::SequenceFactoryI.3 \
-		Bio::Factory::SequenceProcessorI.3 \
-		Bio::Factory::SequenceStreamI.3 \
-		Bio::Factory::TreeFactoryI.3 \
-		Bio::FeatureHolderI.3 \
-		Bio::FeatureIO.3 \
-		Bio::FeatureIO::bed.3 \
-		Bio::FeatureIO::gff.3 \
-		Bio::FeatureIO::gtf.3 \
-		Bio::FeatureIO::interpro.3 \
-		Bio::FeatureIO::ptt.3 \
-		Bio::FeatureIO::vecscreen_simple.3 \
-		Bio::HandlerBaseI.3 \
-		Bio::IdCollectionI.3 \
-		Bio::IdentifiableI.3 \
-		Bio::Index::Abstract.3 \
-		Bio::Index::AbstractSeq.3 \
-		Bio::Index::Blast.3 \
-		Bio::Index::BlastTable.3 \
-		Bio::Index::EMBL.3 \
-		Bio::Index::Fasta.3 \
-		Bio::Index::Fastq.3 \
-		Bio::Index::GenBank.3 \
-		Bio::Index::Hmmer.3 \
-		Bio::Index::Qual.3 \
-		Bio::Index::Stockholm.3 \
-		Bio::Index::SwissPfam.3 \
-		Bio::Index::Swissprot.3 \
-		Bio::LiveSeq::AARange.3 \
-		Bio::LiveSeq::Chain.3 \
-		Bio::LiveSeq::ChainI.3 \
-		Bio::LiveSeq::DNA.3 \
-		Bio::LiveSeq::Exon.3 \
-		Bio::LiveSeq::Gene.3 \
-		Bio::LiveSeq::IO::BioPerl.3 \
-		Bio::LiveSeq::IO::Loader.3 \
-		Bio::LiveSeq::Intron.3 \
-		Bio::LiveSeq::Mutation.3 \
-		Bio::LiveSeq::Mutator.3 \
-		Bio::LiveSeq::Prim_Transcript.3 \
-		Bio::LiveSeq::Range.3 \
-		Bio::LiveSeq::Repeat_Region.3 \
-		Bio::LiveSeq::Repeat_Unit.3 \
-		Bio::LiveSeq::SeqI.3 \
-		Bio::LiveSeq::Transcript.3 \
-		Bio::LiveSeq::Translation.3 \
-		Bio::LocatableSeq.3 \
-		Bio::Location::Atomic.3 \
-		Bio::Location::AvWithinCoordPolicy.3 \
-		Bio::Location::CoordinatePolicyI.3 \
-		Bio::Location::Fuzzy.3 \
-		Bio::Location::FuzzyLocationI.3 \
-		Bio::Location::NarrowestCoordPolicy.3 \
-		Bio::Location::Simple.3 \
-		Bio::Location::Split.3 \
-		Bio::Location::SplitLocationI.3 \
-		Bio::Location::WidestCoordPolicy.3 \
-		Bio::LocationI.3 \
-		Bio::Map::Clone.3 \
-		Bio::Map::Contig.3 \
-		Bio::Map::CytoMap.3 \
-		Bio::Map::CytoMarker.3 \
-		Bio::Map::CytoPosition.3 \
-		Bio::Map::EntityI.3 \
-		Bio::Map::FPCMarker.3 \
-		Bio::Map::Gene.3 \
-		Bio::Map::GeneMap.3 \
-		Bio::Map::GenePosition.3 \
-		Bio::Map::GeneRelative.3 \
-		Bio::Map::LinkageMap.3 \
-		Bio::Map::LinkagePosition.3 \
-		Bio::Map::MapI.3 \
-		Bio::Map::Mappable.3 \
-		Bio::Map::MappableI.3 \
-		Bio::Map::Marker.3 \
-		Bio::Map::MarkerI.3 \
-		Bio::Map::Microsatellite.3 \
-		Bio::Map::OrderedPosition.3 \
-		Bio::Map::OrderedPositionWithDistance.3 \
-		Bio::Map::Physical.3 \
-		Bio::Map::Position.3 \
-		Bio::Map::PositionHandler.3 \
-		Bio::Map::PositionHandlerI.3 \
-		Bio::Map::PositionI.3 \
-		Bio::Map::PositionWithSequence.3 \
-		Bio::Map::Prediction.3 \
-		Bio::Map::Relative.3 \
-		Bio::Map::RelativeI.3 \
-		Bio::Map::SimpleMap.3 \
-		Bio::Map::TranscriptionFactor.3 \
-		Bio::MapIO.3 \
-		Bio::MapIO::fpc.3 \
-		Bio::MapIO::mapmaker.3 \
-		Bio::Matrix::Generic.3 \
-		Bio::Matrix::IO.3 \
-		Bio::Matrix::IO::mlagan.3 \
-		Bio::Matrix::IO::phylip.3 \
-		Bio::Matrix::IO::scoring.3 \
-		Bio::Matrix::MatrixI.3 \
-		Bio::Matrix::Mlagan.3 \
-		Bio::Matrix::PSM::IO.3 \
-		Bio::Matrix::PSM::IO::mast.3 \
-		Bio::Matrix::PSM::IO::masta.3 \
-		Bio::Matrix::PSM::IO::meme.3 \
-		Bio::Matrix::PSM::IO::psiblast.3 \
-		Bio::Matrix::PSM::IO::transfac.3 \
-		Bio::Matrix::PSM::InstanceSite.3 \
-		Bio::Matrix::PSM::InstanceSiteI.3 \
-		Bio::Matrix::PSM::ProtMatrix.3 \
-		Bio::Matrix::PSM::ProtPsm.3 \
-		Bio::Matrix::PSM::Psm.3 \
-		Bio::Matrix::PSM::PsmHeader.3 \
-		Bio::Matrix::PSM::PsmHeaderI.3 \
-		Bio::Matrix::PSM::PsmI.3 \
-		Bio::Matrix::PSM::SiteMatrix.3 \
-		Bio::Matrix::PSM::SiteMatrixI.3 \
-		Bio::Matrix::PhylipDist.3 \
-		Bio::Matrix::Scoring.3 \
-		Bio::MolEvol::CodonModel.3 \
-		Bio::Ontology::DocumentRegistry.3 \
-		Bio::Ontology::GOterm.3 \
-		Bio::Ontology::InterProTerm.3 \
-		Bio::Ontology::OBOEngine.3 \
-		Bio::Ontology::OBOterm.3 \
-		Bio::Ontology::Ontology.3 \
-		Bio::Ontology::OntologyEngineI.3 \
-		Bio::Ontology::OntologyI.3 \
-		Bio::Ontology::OntologyStore.3 \
-		Bio::Ontology::Path.3 \
-		Bio::Ontology::PathI.3 \
-		Bio::Ontology::Relationship.3 \
-		Bio::Ontology::RelationshipFactory.3 \
-		Bio::Ontology::RelationshipI.3 \
-		Bio::Ontology::RelationshipType.3 \
-		Bio::Ontology::SimpleGOEngine::GraphAdaptor.3 \
-		Bio::Ontology::SimpleGOEngine::GraphAdaptor02.3 \
-		Bio::Ontology::SimpleOntologyEngine.3 \
-		Bio::Ontology::Term.3 \
-		Bio::Ontology::TermFactory.3 \
-		Bio::Ontology::TermI.3 \
-		Bio::OntologyIO.3 \
-		Bio::OntologyIO::Handlers::BaseSAXHandler.3 \
-		Bio::OntologyIO::Handlers::InterProHandler.3 \
-		Bio::OntologyIO::Handlers::InterPro_BioSQL_Handler.3 \
-		Bio::OntologyIO::InterProParser.3 \
-		Bio::OntologyIO::dagflat.3 \
-		Bio::OntologyIO::goflat.3 \
-		Bio::OntologyIO::obo.3 \
-		Bio::OntologyIO::simplehierarchy.3 \
-		Bio::OntologyIO::soflat.3 \
-		Bio::ParameterBaseI.3 \
-		Bio::Perl.3 \
-		Bio::Phenotype::Correlate.3 \
-		Bio::Phenotype::MeSH::Term.3 \
-		Bio::Phenotype::MeSH::Twig.3 \
-		Bio::Phenotype::Measure.3 \
-		Bio::Phenotype::OMIM::MiniMIMentry.3 \
-		Bio::Phenotype::OMIM::OMIMentry.3 \
-		Bio::Phenotype::OMIM::OMIMentryAllelicVariant.3 \
-		Bio::Phenotype::OMIM::OMIMparser.3 \
-		Bio::Phenotype::Phenotype.3 \
-		Bio::Phenotype::PhenotypeI.3 \
-		Bio::PhyloNetwork.3 \
-		Bio::PhyloNetwork::Factory.3 \
-		Bio::PhyloNetwork::FactoryX.3 \
-		Bio::PhyloNetwork::GraphViz.3 \
-		Bio::PhyloNetwork::RandomFactory.3 \
-		Bio::PhyloNetwork::TreeFactory.3 \
-		Bio::PhyloNetwork::TreeFactoryMulti.3 \
-		Bio::PhyloNetwork::TreeFactoryX.3 \
-		Bio::PhyloNetwork::muVector.3 \
-		Bio::PopGen::Genotype.3 \
-		Bio::PopGen::GenotypeI.3 \
-		Bio::PopGen::HtSNP.3 \
-		Bio::PopGen::IO.3 \
-		Bio::PopGen::IO::csv.3 \
-		Bio::PopGen::IO::hapmap.3 \
-		Bio::PopGen::IO::phase.3 \
-		Bio::PopGen::IO::prettybase.3 \
-		Bio::PopGen::Individual.3 \
-		Bio::PopGen::IndividualI.3 \
-		Bio::PopGen::Marker.3 \
-		Bio::PopGen::MarkerI.3 \
-		Bio::PopGen::PopStats.3 \
-		Bio::PopGen::Population.3 \
-		Bio::PopGen::PopulationI.3 \
-		Bio::PopGen::Simulation::Coalescent.3 \
-		Bio::PopGen::Simulation::GeneticDrift.3 \
-		Bio::PopGen::Statistics.3 \
-		Bio::PopGen::TagHaplotype.3 \
-		Bio::PopGen::Utilities.3 \
-		Bio::PrimarySeq.3 \
-		Bio::PrimarySeqI.3 \
-		Bio::PullParserI.3 \
-		Bio::Range.3 \
-		Bio::RangeI.3 \
-		Bio::Restriction::Analysis.3 \
-		Bio::Restriction::Enzyme.3 \
-		Bio::Restriction::Enzyme::MultiCut.3 \
-		Bio::Restriction::Enzyme::MultiSite.3 \
-		Bio::Restriction::EnzymeCollection.3 \
-		Bio::Restriction::EnzymeI.3 \
-		Bio::Restriction::IO.3 \
-		Bio::Restriction::IO::bairoch.3 \
-		Bio::Restriction::IO::base.3 \
-		Bio::Restriction::IO::itype2.3 \
-		Bio::Restriction::IO::prototype.3 \
-		Bio::Restriction::IO::withrefm.3 \
-		Bio::Root::Build.3 \
-		Bio::Root::Exception.3 \
-		Bio::Root::HTTPget.3 \
-		Bio::Root::IO.3 \
-		Bio::Root::Root.3 \
-		Bio::Root::RootI.3 \
-		Bio::Root::Storable.3 \
-		Bio::Root::Test.3 \
-		Bio::Root::Test::Warn.3 \
-		Bio::Root::Utilities.3 \
-		Bio::Root::Version.3 \
-		Bio::Search::BlastStatistics.3 \
-		Bio::Search::BlastUtils.3 \
-		Bio::Search::DatabaseI.3 \
-		Bio::Search::GenericDatabase.3 \
-		Bio::Search::GenericStatistics.3 \
-		Bio::Search::HSP::BlastHSP.3 \
-		Bio::Search::HSP::BlastPullHSP.3 \
-		Bio::Search::HSP::FastaHSP.3 \
-		Bio::Search::HSP::GenericHSP.3 \
-		Bio::Search::HSP::HMMERHSP.3 \
-		Bio::Search::HSP::HSPFactory.3 \
-		Bio::Search::HSP::HSPI.3 \
-		Bio::Search::HSP::HmmpfamHSP.3 \
-		Bio::Search::HSP::ModelHSP.3 \
-		Bio::Search::HSP::PSLHSP.3 \
-		Bio::Search::HSP::PsiBlastHSP.3 \
-		Bio::Search::HSP::PullHSPI.3 \
-		Bio::Search::HSP::WABAHSP.3 \
-		Bio::Search::Hit::BlastHit.3 \
-		Bio::Search::Hit::BlastPullHit.3 \
-		Bio::Search::Hit::Fasta.3 \
-		Bio::Search::Hit::GenericHit.3 \
-		Bio::Search::Hit::HMMERHit.3 \
-		Bio::Search::Hit::HitFactory.3 \
-		Bio::Search::Hit::HitI.3 \
-		Bio::Search::Hit::HmmpfamHit.3 \
-		Bio::Search::Hit::ModelHit.3 \
-		Bio::Search::Hit::PsiBlastHit.3 \
-		Bio::Search::Hit::PullHitI.3 \
-		Bio::Search::Iteration::GenericIteration.3 \
-		Bio::Search::Iteration::IterationI.3 \
-		Bio::Search::Processor.3 \
-		Bio::Search::Result::BlastPullResult.3 \
-		Bio::Search::Result::BlastResult.3 \
-		Bio::Search::Result::CrossMatchResult.3 \
-		Bio::Search::Result::GenericResult.3 \
-		Bio::Search::Result::HMMERResult.3 \
-		Bio::Search::Result::HmmpfamResult.3 \
-		Bio::Search::Result::PullResultI.3 \
-		Bio::Search::Result::ResultFactory.3 \
-		Bio::Search::Result::ResultI.3 \
-		Bio::Search::Result::WABAResult.3 \
-		Bio::Search::SearchUtils.3 \
-		Bio::Search::StatisticsI.3 \
-		Bio::Search::Tiling::MapTileUtils.3 \
-		Bio::Search::Tiling::MapTiling.3 \
-		Bio::Search::Tiling::TilingI.3 \
-		Bio::SearchDist.3 \
-		Bio::SearchIO.3 \
-		Bio::SearchIO::EventHandlerI.3 \
-		Bio::SearchIO::FastHitEventBuilder.3 \
-		Bio::SearchIO::IteratedSearchResultEventBuilder.3 \
-		Bio::SearchIO::SearchResultEventBuilder.3 \
-		Bio::SearchIO::SearchWriterI.3 \
-		Bio::SearchIO::Writer::BSMLResultWriter.3 \
-		Bio::SearchIO::Writer::GbrowseGFF.3 \
-		Bio::SearchIO::Writer::HSPTableWriter.3 \
-		Bio::SearchIO::Writer::HTMLResultWriter.3 \
-		Bio::SearchIO::Writer::HitTableWriter.3 \
-		Bio::SearchIO::Writer::ResultTableWriter.3 \
-		Bio::SearchIO::Writer::TextResultWriter.3 \
-		Bio::SearchIO::XML::BlastHandler.3 \
-		Bio::SearchIO::XML::PsiBlastHandler.3 \
-		Bio::SearchIO::axt.3 \
-		Bio::SearchIO::blast.3 \
-		Bio::SearchIO::blast_pull.3 \
-		Bio::SearchIO::blasttable.3 \
-		Bio::SearchIO::blastxml.3 \
-		Bio::SearchIO::cross_match.3 \
-		Bio::SearchIO::erpin.3 \
-		Bio::SearchIO::exonerate.3 \
-		Bio::SearchIO::fasta.3 \
-		Bio::SearchIO::hmmer.3 \
-		Bio::SearchIO::hmmer_pull.3 \
-		Bio::SearchIO::infernal.3 \
-		Bio::SearchIO::gmap_f9.3 \
-		Bio::SearchIO::megablast.3 \
-		Bio::SearchIO::psl.3 \
-		Bio::SearchIO::rnamotif.3 \
-		Bio::SearchIO::sim4.3 \
-		Bio::SearchIO::waba.3 \
-		Bio::SearchIO::wise.3 \
-		Bio::Seq.3 \
-		Bio::Seq::BaseSeqProcessor.3 \
-		Bio::Seq::EncodedSeq.3 \
-		Bio::Seq::LargeLocatableSeq.3 \
-		Bio::Seq::LargePrimarySeq.3 \
-		Bio::Seq::LargeSeq.3 \
-		Bio::Seq::LargeSeqI.3 \
-		Bio::Seq::Meta.3 \
-		Bio::Seq::Meta::Array.3 \
-		Bio::Seq::MetaI.3 \
-		Bio::Seq::PrimaryQual.3 \
-		Bio::Seq::PrimedSeq.3 \
-		Bio::Seq::QualI.3 \
-		Bio::Seq::Quality.3 \
-		Bio::Seq::RichSeq.3 \
-		Bio::Seq::RichSeqI.3 \
-		Bio::Seq::SeqBuilder.3 \
-		Bio::Seq::SeqFactory.3 \
-		Bio::Seq::SeqFastaSpeedFactory.3 \
-		Bio::Seq::SeqWithQuality.3 \
-		Bio::Seq::SequenceTrace.3 \
-		Bio::Seq::TraceI.3 \
-		Bio::SeqAnalysisParserI.3 \
-		Bio::SeqEvolution::DNAPoint.3 \
-		Bio::SeqEvolution::EvolutionI.3 \
-		Bio::SeqEvolution::Factory.3 \
-		Bio::SeqFeature::Annotated.3 \
-		Bio::SeqFeature::AnnotationAdaptor.3 \
-		Bio::SeqFeature::Collection.3 \
-		Bio::SeqFeature::CollectionI.3 \
-		Bio::SeqFeature::Computation.3 \
-		Bio::SeqFeature::FeaturePair.3 \
-		Bio::SeqFeature::Gene::Exon.3 \
-		Bio::SeqFeature::Gene::ExonI.3 \
-		Bio::SeqFeature::Gene::GeneStructure.3 \
-		Bio::SeqFeature::Gene::GeneStructureI.3 \
-		Bio::SeqFeature::Gene::Intron.3 \
-		Bio::SeqFeature::Gene::NC_Feature.3 \
-		Bio::SeqFeature::Gene::Poly_A_site.3 \
-		Bio::SeqFeature::Gene::Promoter.3 \
-		Bio::SeqFeature::Gene::Transcript.3 \
-		Bio::SeqFeature::Gene::TranscriptI.3 \
-		Bio::SeqFeature::Gene::UTR.3 \
-		Bio::SeqFeature::Generic.3 \
-		Bio::SeqFeature::Lite.3 \
-		Bio::SeqFeature::PositionProxy.3 \
-		Bio::SeqFeature::Primer.3 \
-		Bio::SeqFeature::SiRNA::Oligo.3 \
-		Bio::SeqFeature::SiRNA::Pair.3 \
-		Bio::SeqFeature::Similarity.3 \
-		Bio::SeqFeature::SimilarityPair.3 \
-		Bio::SeqFeature::Tools::FeatureNamer.3 \
-		Bio::SeqFeature::Tools::IDHandler.3 \
-		Bio::SeqFeature::Tools::TypeMapper.3 \
-		Bio::SeqFeature::Tools::Unflattener.3 \
-		Bio::SeqFeature::TypedSeqFeatureI.3 \
-		Bio::SeqFeatureI.3 \
-		Bio::SeqI.3 \
-		Bio::SeqIO.3 \
-		Bio::SeqIO::FTHelper.3 \
-		Bio::SeqIO::Handler::GenericRichSeqHandler.3 \
-		Bio::SeqIO::MultiFile.3 \
-		Bio::SeqIO::abi.3 \
-		Bio::SeqIO::ace.3 \
-		Bio::SeqIO::agave.3 \
-		Bio::SeqIO::alf.3 \
-		Bio::SeqIO::asciitree.3 \
-		Bio::SeqIO::bsml.3 \
-		Bio::SeqIO::bsml_sax.3 \
-		Bio::SeqIO::chadoxml.3 \
-		Bio::SeqIO::chaos.3 \
-		Bio::SeqIO::chaosxml.3 \
-		Bio::SeqIO::ctf.3 \
-		Bio::SeqIO::embl.3 \
-		Bio::SeqIO::embldriver.3 \
-		Bio::SeqIO::entrezgene.3 \
-		Bio::SeqIO::excel.3 \
-		Bio::SeqIO::exp.3 \
-		Bio::SeqIO::fasta.3 \
-		Bio::SeqIO::fastq.3 \
-		Bio::SeqIO::flybase_chadoxml.3 \
-		Bio::SeqIO::game.3 \
-		Bio::SeqIO::game::featHandler.3 \
-		Bio::SeqIO::game::gameHandler.3 \
-		Bio::SeqIO::game::gameSubs.3 \
-		Bio::SeqIO::game::gameWriter.3 \
-		Bio::SeqIO::game::seqHandler.3 \
-		Bio::SeqIO::gbdriver.3 \
-		Bio::SeqIO::gcg.3 \
-		Bio::SeqIO::genbank.3 \
-		Bio::SeqIO::interpro.3 \
-		Bio::SeqIO::kegg.3 \
-		Bio::SeqIO::largefasta.3 \
-		Bio::SeqIO::lasergene.3 \
-		Bio::SeqIO::locuslink.3 \
-		Bio::SeqIO::metafasta.3 \
-		Bio::SeqIO::phd.3 \
-		Bio::SeqIO::pir.3 \
-		Bio::SeqIO::pln.3 \
-		Bio::SeqIO::qual.3 \
-		Bio::SeqIO::raw.3 \
-		Bio::SeqIO::scf.3 \
-		Bio::SeqIO::strider.3 \
-		Bio::SeqIO::swiss.3 \
-		Bio::SeqIO::swissdriver.3 \
-		Bio::SeqIO::tab.3 \
-		Bio::SeqIO::table.3 \
-		Bio::SeqIO::tigr.3 \
-		Bio::SeqIO::tigrxml.3 \
-		Bio::SeqIO::tinyseq.3 \
-		Bio::SeqIO::tinyseq::tinyseqHandler.3 \
-		Bio::SeqIO::ztr.3 \
-		Bio::SeqUtils.3 \
-		Bio::SimpleAlign.3 \
-		Bio::SimpleAnalysisI.3 \
-		Bio::Species.3 \
-		Bio::Structure::Atom.3 \
-		Bio::Structure::Chain.3 \
-		Bio::Structure::Entry.3 \
-		Bio::Structure::IO.3 \
-		Bio::Structure::IO::pdb.3 \
-		Bio::Structure::Model.3 \
-		Bio::Structure::Residue.3 \
-		Bio::Structure::SecStr::DSSP::Res.3 \
-		Bio::Structure::SecStr::STRIDE::Res.3 \
-		Bio::Structure::StructureI.3 \
-		Bio::Symbol::Alphabet.3 \
-		Bio::Symbol::AlphabetI.3 \
-		Bio::Symbol::DNAAlphabet.3 \
-		Bio::Symbol::ProteinAlphabet.3 \
-		Bio::Symbol::Symbol.3 \
-		Bio::Symbol::SymbolI.3 \
-		Bio::Taxon.3 \
-		Bio::Taxonomy.3 \
-		Bio::Taxonomy::FactoryI.3 \
-		Bio::Taxonomy::Node.3 \
-		Bio::Taxonomy::Taxon.3 \
-		Bio::Taxonomy::Tree.3 \
-		Bio::Tools::AlignFactory.3 \
-		Bio::Tools::Alignment::Consed.3 \
-		Bio::Tools::Alignment::Trim.3 \
-		Bio::Tools::Analysis::DNA::ESEfinder.3 \
-		Bio::Tools::Analysis::Protein::Domcut.3 \
-		Bio::Tools::Analysis::Protein::ELM.3 \
-		Bio::Tools::Analysis::Protein::GOR4.3 \
-		Bio::Tools::Analysis::Protein::HNN.3 \
-		Bio::Tools::Analysis::Protein::Mitoprot.3 \
-		Bio::Tools::Analysis::Protein::NetPhos.3 \
-		Bio::Tools::Analysis::Protein::Scansite.3 \
-		Bio::Tools::Analysis::Protein::Sopma.3 \
-		Bio::Tools::Analysis::SimpleAnalysisBase.3 \
-		Bio::Tools::AnalysisResult.3 \
-		Bio::Tools::Blat.3 \
-		Bio::Tools::CodonTable.3 \
-		Bio::Tools::Coil.3 \
-		Bio::Tools::ECnumber.3 \
-		Bio::Tools::EMBOSS::Palindrome.3 \
-		Bio::Tools::EPCR.3 \
-		Bio::Tools::ERPIN.3 \
-		Bio::Tools::ESTScan.3 \
-		Bio::Tools::EUtilities.3 \
-		Bio::Tools::EUtilities::Cookie.3 \
-		Bio::Tools::EUtilities::EUtilDataI.3 \
-		Bio::Tools::EUtilities::EUtilParameters.3 \
-		Bio::Tools::EUtilities::History.3 \
-		Bio::Tools::EUtilities::HistoryI.3 \
-		Bio::Tools::EUtilities::Info.3 \
-		Bio::Tools::EUtilities::Info::FieldInfo.3 \
-		Bio::Tools::EUtilities::Info::LinkInfo.3 \
-		Bio::Tools::EUtilities::Link.3 \
-		Bio::Tools::EUtilities::Link::LinkSet.3 \
-		Bio::Tools::EUtilities::Link::UrlLink.3 \
-		Bio::Tools::EUtilities::Query.3 \
-		Bio::Tools::EUtilities::Query::GlobalQuery.3 \
-		Bio::Tools::EUtilities::Summary.3 \
-		Bio::Tools::EUtilities::Summary::DocSum.3 \
-		Bio::Tools::EUtilities::Summary::Item.3 \
-		Bio::Tools::EUtilities::Summary::ItemContainerI.3 \
-		Bio::Tools::Eponine.3 \
-		Bio::Tools::Est2Genome.3 \
-		Bio::Tools::Fgenesh.3 \
-		Bio::Tools::FootPrinter.3 \
-		Bio::Tools::GFF.3 \
-		Bio::Tools::Gel.3 \
-		Bio::Tools::Geneid.3 \
-		Bio::Tools::Genemark.3 \
-		Bio::Tools::Genewise.3 \
-		Bio::Tools::Genomewise.3 \
-		Bio::Tools::Genscan.3 \
-		Bio::Tools::Glimmer.3 \
-		Bio::Tools::Grail.3 \
-		Bio::Tools::GuessSeqFormat.3 \
-		Bio::Tools::HMMER::Domain.3 \
-		Bio::Tools::HMMER::Results.3 \
-		Bio::Tools::HMMER::Set.3 \
-		Bio::Tools::Hmmpfam.3 \
-		Bio::Tools::IUPAC.3 \
-		Bio::Tools::Infernal.3 \
-		Bio::Tools::Lucy.3 \
-		Bio::Tools::MZEF.3 \
-		Bio::Tools::Match.3 \
-		Bio::Tools::OddCodes.3 \
-		Bio::Tools::Phylo::Gerp.3 \
-		Bio::Tools::Phylo::Gumby.3 \
-		Bio::Tools::Phylo::Molphy.3 \
-		Bio::Tools::Phylo::Molphy::Result.3 \
-		Bio::Tools::Phylo::PAML.3 \
-		Bio::Tools::Phylo::PAML::ModelResult.3 \
-		Bio::Tools::Phylo::PAML::Result.3 \
-		Bio::Tools::Phylo::Phylip::ProtDist.3 \
-		Bio::Tools::Prediction::Exon.3 \
-		Bio::Tools::Prediction::Gene.3 \
-		Bio::Tools::Primer3.3 \
-		Bio::Tools::Primer::Assessor::Base.3 \
-		Bio::Tools::Primer::AssessorI.3 \
-		Bio::Tools::Primer::Feature.3 \
-		Bio::Tools::Primer::Pair.3 \
-		Bio::Tools::Prints.3 \
-		Bio::Tools::Profile.3 \
-		Bio::Tools::Promoterwise.3 \
-		Bio::Tools::PrositeScan.3 \
-		Bio::Tools::Protparam.3 \
-		Bio::Tools::Pseudowise.3 \
-		Bio::Tools::QRNA.3 \
-		Bio::Tools::RNAMotif.3 \
-		Bio::Tools::RandomDistFunctions.3 \
-		Bio::Tools::RepeatMasker.3 \
-		Bio::Tools::Run::GenericParameters.3 \
-		Bio::Tools::Run::ParametersI.3 \
-		Bio::Tools::Run::RemoteBlast.3 \
-		Bio::Tools::Run::StandAloneBlast.3 \
-		Bio::Tools::Run::StandAloneNCBIBlast.3 \
-		Bio::Tools::Run::StandAloneWUBlast.3 \
-		Bio::Tools::Run::WrapperBase.3 \
-		Bio::Tools::Seg.3 \
-		Bio::Tools::SeqPattern::Backtranslate.3 \
-		Bio::Tools::SeqPattern.3 \
-		Bio::Tools::SeqStats.3 \
-		Bio::Tools::SeqWords.3 \
-		Bio::Tools::SiRNA.3 \
-		Bio::Tools::SiRNA::Ruleset::saigo.3 \
-		Bio::Tools::SiRNA::Ruleset::tuschl.3 \
-		Bio::Tools::Sigcleave.3 \
-		Bio::Tools::Signalp.3 \
-		Bio::Tools::Signalp::ExtendedSignalp.3 \
-		Bio::Tools::Sim4::Exon.3 \
-		Bio::Tools::Sim4::Results.3 \
-		Bio::Tools::Spidey::Exon.3 \
-		Bio::Tools::Spidey::Results.3 \
-		Bio::Tools::TandemRepeatsFinder.3 \
-		Bio::Tools::TargetP.3 \
-		Bio::Tools::Tmhmm.3 \
-		Bio::Tools::dpAlign.3 \
-		Bio::Tools::ipcress.3 \
-		Bio::Tools::isPcr.3 \
-		Bio::Tools::pICalculator.3 \
-		Bio::Tools::pSW.3 \
-		Bio::Tools::tRNAscanSE.3 \
-		Bio::Tree::AlleleNode.3 \
-		Bio::Tree::AnnotatableNode.3 \
-		Bio::Tree::Compatible.3 \
-		Bio::Tree::DistanceFactory.3 \
-		Bio::Tree::Draw::Cladogram.3 \
-		Bio::Tree::Node.3 \
-		Bio::Tree::NodeI.3 \
-		Bio::Tree::NodeNHX.3 \
-		Bio::Tree::RandomFactory.3 \
-		Bio::Tree::Statistics.3 \
-		Bio::Tree::Tree.3 \
-		Bio::Tree::TreeFunctionsI.3 \
-		Bio::Tree::TreeI.3 \
-		Bio::TreeIO.3 \
-		Bio::TreeIO::TreeEventBuilder.3 \
-		Bio::TreeIO::cluster.3 \
-		Bio::TreeIO::lintree.3 \
-		Bio::TreeIO::newick.3 \
-		Bio::TreeIO::nexus.3 \
-		Bio::TreeIO::nhx.3 \
-		Bio::TreeIO::pag.3 \
-		Bio::TreeIO::phyloxml.3 \
-		Bio::TreeIO::svggraph.3 \
-		Bio::TreeIO::tabtree.3 \
-		Bio::UpdateableSeqI.3 \
-		Bio::Variation::AAChange.3 \
-		Bio::Variation::AAReverseMutate.3 \
-		Bio::Variation::Allele.3 \
-		Bio::Variation::DNAMutation.3 \
-		Bio::Variation::IO.3 \
-		Bio::Variation::IO::flat.3 \
-		Bio::Variation::IO::xml.3 \
-		Bio::Variation::RNAChange.3 \
-		Bio::Variation::SNP.3 \
-		Bio::Variation::SeqDiff.3 \
-		Bio::Variation::VariantI.3 \
-		Bio::WebAgent.3
-
-# now install all extra stuff (docs, examples, scripts, models)
-NO_STAGE=	yes
-
-OPTIONS_DEFINE=	DOCS
+OPTIONS_DEFINE=	DOCS PGTEST SQLITETEST
+PGTEST_DESC=	Test PostGreSQL
+SQLITETEST_DESC=	Test SQLite
+PGTEST_RUN_DEPENDS=	p5-DBD-Pg>=3:${PORTSDIR}/databases/p5-DBD-Pg
+PGTEST_BUILD_DEPENDS=	p5-DBD-Pg>=3:${PORTSDIR}/databases/p5-DBD-Pg
+SQLITETEST_RUN_DEPENDS=	p5-DBD-SQLite>=1:${PORTSDIR}/databases/p5-DBD-SQLite
+SQLITETEST_BUILD_DEPENDS=	p5-DBD-SQLite>=1:${PORTSDIR}/databases/p5-DBD-SQLite
 
 .include <bsd.port.options.mk>
 
 post-install:
-	${MKDIR} ${DATADIR}
-	${CP} -R ${WRKSRC}/scripts ${WRKSRC}/models ${DATADIR}
-	${MKDIR} ${EXAMPLESDIR}
-	${CP} -R ${WRKSRC}/examples/* ${EXAMPLESDIR}
+	${MKDIR} ${STAGEDIR}${DATADIR}
+	${CP} -R ${WRKSRC}/scripts ${WRKSRC}/models ${STAGEDIR}${DATADIR}
+	${MKDIR} ${STAGEDIR}${EXAMPLESDIR}
+	${CP} -R ${WRKSRC}/examples/* ${STAGEDIR}${EXAMPLESDIR}

*** DIFF OUTPUT TRUNCATED AT 1000 LINES ***
_______________________________________________
svn-ports-all@freebsd.org mailing list
http://lists.freebsd.org/mailman/listinfo/svn-ports-all
To unsubscribe, send any mail to "svn-ports-all-unsubscribe@freebsd.org"
Comment 3 Wen Heping freebsd_committer 2014-05-30 16:50:20 UTC
State Changed
From-To: open->closed

Committed. Thanks!